科學家完成迄今最大基因組測序
日期:2014-04-03 09:08:24
生長在美國佐治亞州奧古斯塔國家高爾夫俱樂部第17號洞附近的火炬松(Pinus taeda)曾擋住了美國前總統(tǒng)德懷特·戴維·艾森豪威爾的很多桿球。1956年,他曾試圖砍掉這棵樹。如今,火炬松正在書寫一段與眾不同的歷史:火炬松的基因組有221.8億個堿基對——約為人類基因組的7倍多,是目前已完成測序的最大基因組。
火炬松原產(chǎn)于美國東南部,是美國南方松中重要的速生針葉用材樹種。在基因測序工作伊始,火炬松就被確定為研究對象。然而,火炬松基因組的龐大規(guī)模給傳統(tǒng)的全基因組“鳥槍法”測序(只能對短的基因組片段進行測序)出了一道難題。
新研究中,研究人員改進了原有的“鳥槍法”——利用基因克隆方法對單獨的DNA片段進行預處理,因而能夠更容易地拼裝出一個完整的基因組。該團隊發(fā)現(xiàn),82%的火炬松基因組由重復的基因片段組成——而人類基因組中重復的基因片段只占25%。研究人員將該結果發(fā)表于近日的《基因組生物學》和《遺傳學》雜志上。研究人員還確定了能解釋火炬松重要特性(例如抗病性、木材形成、應激反應)的基因。