Nature新聞:發布基因工程標準化元件
日期:2013-03-20 10:22:44
在美國國家科學基金會的資助下,BIOFAB于2009年在加州成立,該機構旨在建立標準化的DNA序列元件,以便更好的控制基因表達,推動合成生物學的發展。利用這些標準化的DNA序列,生物學家們只需插入各種基因就能夠進行工程改造,獲得生產藥物或者執行其他任務的特殊細胞。
BIOFAB就像是一家特殊的工廠,專門開發基因工程所需的DNA工具。日前,BIOFAB推出了他們的第一批產品,能夠在大腸桿菌中精確控制基因表達的DNA序列元件。
人們發現,即使是在相當成熟的表達體系中(如E. coli),插入基因的表達也并不一定符合預期,這是目前合成生物學面臨的一個關鍵性障礙。
基因表達包括RNA轉錄和蛋白翻譯,要想在細胞中表達目的基因,就需要在其上游添加一些識別序列。例如,合成RNA轉錄本需要啟動子序列,而蛋白翻譯需要核糖體結合位點RBS。過去三十年來,科學家們積累了大量上述序列,并利用它們來表達目的基因。不過,有些序列能力強,有些序列能力弱,導致RNA和蛋白的合成水平并不穩定。
BIOFAB的Drew Endy和Adam Arkin在本周的Nature Methods雜志上發表了兩篇文章,指出上述DNA元件的作用效果難以預測。他們領導研究人員將許多不同的啟動子-RBS序列組合,插入到編碼熒光蛋白的基因前,然后檢測其中的蛋白合成水平。研究顯示,其后搭配的基因不同,各組合的作用效果也大相徑庭。
文章還引用了此前的一項發現指出,希望以特定水平表達蛋白的科學家們,實際只有50%的幾率獲得所需產量。這種基因表達的隨意性是合成生物學家們面臨的主要挑戰,因為他們往往需要建立多基因表達的系統。
為此,BIOFAB研究團隊為大腸桿菌E. coli設計了不干擾下游DNA的啟動子和RBS序列。這些元件的作用效果與搭配的目的基因無關,能夠幫助科學家們更嚴格的控制基因表達。研究顯示,采用這些元件,大大提升了基因表達水平達到預期的幾率(約93%)。現在,研究者們可以通過網絡免費獲取這些序列(見http://www.biofab.org/data),Arkin的一些同事已經開始從中受益。
此外,研究人員還設計了一個統計學方法,用來衡量啟動子和RBS序列的性能可變性。這一方法也適用于合成生物學中的其他遺傳學元件。科學家們可以在此基礎上建立各元件的規格表,使自己的研究和成果共享更為方便。
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