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英開發(fā)出簡化的基因組測序新方法

日期:2012-12-14 09:54:15

英國研究人員簡化了基因組測序的標(biāo)準(zhǔn)流程,首次無需進(jìn)行文庫制備便完成了DNA(脫氧核糖核酸)單分子測序,而且新方法只要很少量的DNA就能獲得序列數(shù)據(jù),用量可低至不到1納克(10億分之一克),僅為常規(guī)測序方法的500分之一到600分之一。

 

文庫制備是指從測序前基因組樣本中提取不同長度的DNA片段,這一過程不僅費(fèi)力、費(fèi)時,還會浪費(fèi)DNA,而新技術(shù)能極大地減少DNA的損耗,并縮短測序時間。

 

該研究論文的第一作者、英國威康信托基金會桑格研究所的保羅·庫普蘭說:“我們用這種方法對病毒和細(xì)菌的基因組測序后發(fā)現(xiàn),即使在相對較低的水平,我們也能夠確定所檢測的是何種有機(jī)物,不論樣本中是否存在特定的基因或質(zhì)粒(這對于確定抗生素耐藥性很重要),或者其他信息,如對特定DNA堿基的修改等。”他表示,一旦技術(shù)得到優(yōu)化,將在快速、高效地識別醫(yī)院和其他醫(yī)療場所中的細(xì)菌和病毒方面具有很大的應(yīng)用潛力。

 

研究小組利用第三代單分子測序系統(tǒng)PacBio RS演示了這種簡化的直接測序方法。他們僅僅用800皮克(千分之一納克)DNA來分析一個生物體的基因組,盡管測序儀只讀取了基因組的70個序列片段,相對于常規(guī)測序方法獲得的數(shù)據(jù)來說不過是很小的一部分,但這些信息足以讓研究人員確定他們所檢測的生物體的品種。

 

這項技術(shù)也使得科學(xué)家能夠?qū)Υ饲盁o法識別的宏基因組(也稱微生物環(huán)境基因組)樣本中的生物體進(jìn)行確認(rèn)。“為微生物測序,首先需要能夠在實驗室中培養(yǎng)它們。”論文的主要作者、英國巴布拉漢研究所的塔米爾·錢德拉說,“這不僅耗費(fèi)時間,而且有時候微生物不生長,為它們的基因組測序極其困難。”他表示,新方法可以直接對微生物測序,短時間內(nèi)便可確定其“身份”。

 

論文的另一主要作者、威康信托基金會桑格研究所的哈羅德·斯維爾德洛說:“我們的技術(shù)可以在對所測序列沒有任何先驗知識、沒有特定微生物試劑的條件下,在很短的時間內(nèi)操作,這是一種很有前途的替代手段,可應(yīng)用于控制感染等臨床需要。”

 

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