Nature方法:突破性基因識別
日期:2012-11-13 08:14:01
科學家們發現了一項基因識別新技術,能將我們掌握的動物遺傳信息增加70-80%。研究結果發表在《自然方法》(Nature Methods)雜志上,有可能徹底改變我們對于動物遺傳學和疾病的認識,并提高我們對于如SARS等跨越物種障礙由動物向人類傳播的危險病毒的認識。
現代基因組測序技術的進步使得科學家們能夠揭示各種各樣動物、植物和昆蟲的遺傳密碼,確定控制一切事物,從我們的眼睛顏色到對某些疾病易感性的遺傳信息和變異。
直到現在,正確識別隱藏在新測序物種遺傳物質中的基因和蛋白質還是一項艱巨的任務,需要細致的觀察以及編撰大量構成任一動物、植物或昆蟲的成千上萬基因的數據。
論文的主要作者、布里斯托大學細胞與分子醫學院的高級講師David Matthews說:“基因識別主要是借助計算機程序搜尋與在其他動物或人類中已經發現的基因相似的基因組區域。然而,這種分析并不總是有效。”
布里斯托大學研究小組現在發現了一種更有效的方法:測序表達的mRNA生成蛋白質數據庫再進行質譜分析。這種將高通量測序與蛋白質鑒別技術相結合的方法可以直接觀察生成的基因和所有蛋白質,檢測存在于動物、植物和昆蟲中的遺傳信息。
為了證實他們的技術起作用,研究人員進行了一項實驗,驗證他們的程序在基因發現方面的能力。他們用一種充分了解的感冒病毒模擬新發現的病毒感染人類細胞。隨后采用新技術分析了這些感染細胞。
當與人類和感冒病毒的已知遺傳信息進行比較時,由此生成的“發現”基因和蛋白質的列表證實是極其成功的,并且證明了這一方法的效力。
對于倉鼠細胞的類似分析提供了直接觀察的證據,在一項相對廉價的實驗中研究人員證實倉鼠存在數以千計的基因和蛋白。這些倉鼠中幾乎所有基因和蛋白質的直接證據均無法在倉鼠基因和蛋白質的“官方”列表上獲得。
Matthews博士補充說:“這些研究發現為利用當前強有力的分析工具研究人類疾病,并將它們應用于動物、昆蟲或甚至植物——研究一些以往非常具有挑戰性或根本不可能的事物開辟了可能性。這一技術也將使得科學家們能夠更容易更有效的研究從農場動物及其疾病到危害農作物的病蟲害等一切事物。”
近年來,包括流感、SARS、埃博拉病毒(Ebola virus)、亨德拉病毒(Hendra virus)和尼帕病毒(Nipah virus)等許多危險的新病毒從動物向人類傳播。今年早些時候在中東有三人接觸了一種被認為是直接來自蝙蝠的新SARS樣病毒而患重病,其中兩人死亡。
“由于對這些生物體的遺傳構成所知甚少,為何這些病毒對蝙蝠的疾病影響有限是一個待解謎題。我們開始將我們的技術應用于實驗室培養的蝙蝠細胞,通過分析蝙蝠的遺傳和蛋白質含量更多地認識它們的遺傳學,了解它們是如何能夠與常常對人類造成致命后果的這些病毒明顯共存的。”
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