在线日韩日本国产亚洲丨少妇伦子伦情品无吗丨欧美性猛交xxxx免费看蜜桃丨精品人妻系列无码一区二区三区丨亚洲精品无码不卡在线播放

Your Good Partner in Biology Research

單分子測(cè)序輕松升級(jí)參考基因組

日期:2012-09-06 08:23:18

現(xiàn)代基因組學(xué)的最大需求之一,就是得到人類和模式生物的高質(zhì)量完成基因組。目前,人們利用二代測(cè)序技術(shù)對(duì)越來(lái)越多的物種(從原核生物到真核生物)進(jìn)行了基因組測(cè)序,取得了許多重要的研究成果。

 

不過(guò)大部分物種的基因組還中存在有大量的缺口gap,就目前的數(shù)據(jù)來(lái)說(shuō),各種已測(cè)序物種的基因組中缺口gap所占的百分比從1.3%13%不等。這是由于二代測(cè)序技術(shù)生成的片段短,而過(guò)短的測(cè)序片段無(wú)法跨越高度重復(fù)和高GC含量的基因組區(qū)域。大量的基因組空白區(qū)域中可能存在有重要的生物學(xué)功能信息,如果無(wú)法補(bǔ)齊這些缺口,不僅不能獲得完整的基因組物理結(jié)構(gòu)圖,還會(huì)給基因組信息的解讀造成不小的困難。目前人們主要使用步進(jìn)PCR結(jié)合Sanger測(cè)序或者illumina/454 Pair-end測(cè)序數(shù)據(jù)來(lái)填充空白區(qū)域,但是這些方法費(fèi)時(shí)費(fèi)力,成本高,填充效率低,無(wú)法從根本上解決問(wèn)題。

 

美國(guó)Baylor醫(yī)學(xué)院的Richard Gibbs團(tuán)隊(duì)正在進(jìn)行一項(xiàng)重要研究,利用單分子測(cè)序技術(shù)對(duì)模式生物的基因組草圖進(jìn)行升級(jí)。他們借助的正是Pacbio RS單分子測(cè)序的獨(dú)特之處,這一技術(shù)無(wú)需PCR過(guò)程,能夠輕松完成高GC含量片段和高度重復(fù)區(qū)域片段測(cè)序。該研究團(tuán)隊(duì)的目標(biāo)是準(zhǔn)確、自動(dòng)化、快速且可重復(fù)的進(jìn)行基因組升級(jí),他們還專門開發(fā)了高度自動(dòng)化的工具PBJelly,能夠?qū)?/SPAN>Pacbio測(cè)序得到的長(zhǎng)片段與基因組草圖進(jìn)行比對(duì),填補(bǔ)或減少草圖中的缺口,從而完善基因組草圖。

 

Richard Gibbs的團(tuán)隊(duì)利用PacBio的長(zhǎng)讀長(zhǎng),對(duì)兩個(gè)果蠅種(Drosophila pseudoobscuraDrosophila melanogaster,基因組缺口6.7M,占基因組大小5%)、虎皮鸚鵡(M. undulates,基因組缺口155M,占基因組大小11%)、黑子白眉猴(C.atys,基因組缺口198M,占基因組大小7%)的基因組進(jìn)行了升級(jí)。他們首先利用PacBio單分子測(cè)序技術(shù)進(jìn)行覆蓋(深度從4.4×到24×不等),然后使用PBJelly流程進(jìn)行分析。研究顯示長(zhǎng)讀長(zhǎng)數(shù)據(jù)可以大大降低基因組中的缺口數(shù),其中D. melanogaster的基因組缺口數(shù)減少了15倍,虎皮鸚鵡和白眉猴的基因組缺口數(shù)減少了1.32.8倍,且這些基因組的缺口大小也減少了3-6倍。隨后,研究人員對(duì)隨機(jī)選擇的96個(gè)缺口進(jìn)行了Sanger測(cè)序,驗(yàn)證了這一方法的可靠性。

 

在這一研究中,單分子測(cè)序技術(shù)幫助研究者們獲得了很好的結(jié)果,大大提高了基因組的完整性,也降低了后續(xù)實(shí)驗(yàn)和分析的難度,遠(yuǎn)遠(yuǎn)優(yōu)于傳統(tǒng)方法。

 

研究人員對(duì)于含有大基因組的脊椎動(dòng)物(虎皮鸚鵡基因組大小1.2G、黑子白眉猴2.8G)只進(jìn)行了低深度的測(cè)序(4.4-6.8×)就能較好的改善其基因組完整性,說(shuō)明PacBio測(cè)序技術(shù)在大型基因組組裝領(lǐng)域具有強(qiáng)大的功能和應(yīng)用潛力。

 

該項(xiàng)目還在繼續(xù)進(jìn)行中,研究人員將會(huì)不斷的改進(jìn)組裝方法,提高基因組缺口的填補(bǔ)效率。目前,他們正在用這一方法對(duì)靈長(zhǎng)類動(dòng)物的基因組進(jìn)行升級(jí)。

 


主站蜘蛛池模板: 欧洲国产伦久久久久久久 | 成人无码av一区二区三区| 亚洲精品久久av无码麻| 狠狠躁18三区二区一区| 摸丰满大乳奶水www免费| 欧美极品video粗暴| 国产男女嘿咻视频在线观看| 手机看片久久国产免费| 麻豆av福利av久久av| 一区二区三区波多野结衣在线观看| 蜜芽av无码精品国产午夜| 国产日产欧产精品品不卡| 日韩网红少妇无码视频香港| 精品无码久久久久国产动漫3d| 国产片a国产片免费看视频| 国产香蕉尹人在线观看视频| 香蕉久久福利院| 色婷婷国产精品高潮呻吟av久久| 久久婷婷五月综合色俺也想去| 亚洲精品无码久久久| 午夜精品久久久久久久99热| 无码人妻精品中文字幕不卡| 亚洲色无码专区在线观看| 成年女人免费视频播放体验区| 午夜免费视频| 久久成人国产精品无码| 国模杨依粉嫩蝴蝶150p| 末发育娇小性色xxxxx视频| 久久综合色一综合色88| 亚洲乱码中文字幕手机在线| 成人免费视频一区二区三区| 水蜜桃av无码一区二区| 国产1卡二卡3卡四卡乱码视频| 性做久久久久久久| 久久er99热精品一区二区| 国产原创av中文在线观看| 军人粗大的内捧猛烈进出视频| 伊人激情av一区二区三区| 亚洲欧美精品综合在线观看| 日韩不卡1卡2卡三卡2021免费| 精品国产一区二区三区四区阿崩|