來自芬蘭和德國的研究人員開發(fā)了一種開放源代碼（open-source）軟件使得處理生物成像數(shù)據(jù)變得更加容易。這一命名為BioImageXD的軟件將有助于分析細胞和組織的功能。這一軟件開發(fā)項目獲得了芬蘭科學院（通過FinNano研究計劃）、歐盟和芬蘭國家技術創(chuàng)新局（Tekes）的資助。1.0版本的BioImageXD已被接收發(fā)表在該領域的頂級期刊《自然方法》（Nature Methods）上。

尤其，BioImageXD可用于分析分子在細胞表面的移動以及結合在一起的機制。擁有這一軟件，科學家們可以分析細胞表面的成分，研究癌細胞如何在一個三維環(huán)境中擴散，或是測量病毒和靶向藥物進入細胞的有效性。這樣的計算之前根本無法做到。

近年來，利用新型專門顯微鏡進行細胞和組織成像已經(jīng)很大程度上推動生物科學和生物醫(yī)學的研究。這些新方法還實現(xiàn)了對活細胞開展研究。然而顯微成像并不能顯示，需要轉換為三維模型。這些3D渲染（rendering）攜帶顯著的權重，然而可靠的科學數(shù)據(jù)還需要能夠隨后用于數(shù)學計算的數(shù)值。此外，這些擁有極大數(shù)據(jù)集的計算必須是可行的。

到目前為止，缺乏合適的軟件阻礙了這一發(fā)展。為了解決這一問題，圖爾庫的研究人員Jyväskylä 和 Dresden為處理成像數(shù)據(jù)的軟件制定了精確的規(guī)格。一個關鍵的標準是軟件將建立在開放源代碼原理基礎上，所有研究人員可以免費獲取。

這項工作促成了BioImageXD，由于其靈活性和開放源代碼特性這一軟件程序得到了來自世界各地成百上千研究人員的正面反饋。

從廣泛開發(fā)到測試成功

BioImageXD的一個獨特之處在于可用于構建全新的分析方法（用于甚至不需要編程技能），同時處理成千上萬的圖像，分析數(shù)以百萬的分子。對比測試表明相比于其他類似的程序BioImageXD更快更敏感。

BioImageXD軟件開發(fā)始于10年前，由芬蘭于韋斯屈萊大學Jyrki Heino領導的研究小組自那時以來與Varpu Marjomäki研究小組和來自德國馬普分子細胞生物學與遺傳學研究所的Daniel White展開了積極的合作。

主要的開發(fā)工作由先任職圖爾庫生物技術中心的細胞成像核心協(xié)調員Pasi Kankaanpää領導。

這一BioImageXD軟件將刊載在《Nature Methods》特殊專題的顯著位置上，其側重于生物醫(yī)學圖像的處理。