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ACMG:基因芯片分析技術研究進展

日期:2012-06-27 09:16:31

2012329日美國遺傳醫學學院(American College of Medical Genetics ACMG)會議上,猶他大學兒科和病理小組與猶他大學ARUP公司診斷實驗室做了聯合使用Affymetrix基因芯片分析揭示慢性淋巴細胞白血病(Chronic Lymphocytic Leukemia)與10q24.32復發性等位基因缺失(Recurrent Monoallelic Deletion)有關的報告。慢性淋巴細胞白血病(Chronic Lymphocytic Leukemia CLL)具有非常多樣化的臨床表型。而通過染色體的畸變類型可以判斷病人屬于哪種CLL亞型,評估預后以及檢測殘留病灶,所以正確識別相關的畸變對于病人管理具有非常重要的意義。基因芯片之所以在CLL預后的重要性中獲得認可,是因為其在檢測拷貝數變異(CNVs)方面具有非常高的分辨率。此項研究中,10CLL樣本全部由CytoScan HDAffymetrix)芯片檢測CNVs。其中兩個獨立的樣本中都發現了10q24.32的微觀間質性缺失(submicroscopic interstitial deletions)。這兩個樣本中檢測到的缺失片段大小均在670kb左右。缺失區域包含TMEM180, ACTR1A, SUFU, TRIM8, ARL3, SFXN2, C10orf26, CYP17A1, C10orf32, AS3MTCNNM2基因。而另一個案例檢測到的10q末端缺失伴有10q24.1的斷裂點。在這些基因當中,SUFU是腫瘤抑制基因,TRIM8是生長抑制基因。它們可能是該臨床顯著缺失區域的候選基因。  

 

 隨后,為了調查這些缺失是否是CLL的普遍變化,該小組又用熒光原位雜交(Fluorescence in Situ HybridizationFISH)的方法針對SUFUTRIM8基因設計探針,驗證了20余個CLL樣本。FISH結果顯示該區域的缺失在其中3例樣本中有發現,而在30例樣本中的總數為6個(達到20%,包括10q的大片段缺失)。類似的缺失在采用全基因組芯片對23例急性淋巴細胞白血病樣本進行的分析中沒有發現。這些缺失在DGV數據庫中同樣沒有General population注釋,是全新的發現。目前10q24.32復發性缺失是否包含SUFUTRIM8基因還未知。正因為基因突變對于預后非常重要。如果要建立這些畸變對于預后的意義以及這些基因在CLL發病中的作用,還需要更深入的研究。

 


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