來(lái)自中科院遺傳與發(fā)育研究所的研究人員發(fā)表了題為“PsRobot: a web-based plant small RNA meta-analysis toolbox”的文章，報(bào)道了一種小分子RNA整合分析軟件——psRobot，這一在線工具能幫助研究人員獲得小分子RNA的產(chǎn)生過(guò)程、作用機(jī)制以及具有的生物學(xué)功能等信息。這一研究成果公布在英國(guó)生物信息學(xué)期刊Nucleic Acids Research雜志上。

這項(xiàng)研究由遺傳與發(fā)育生物學(xué)研究所王秀杰課題組完成，王秀杰課題組的博士生吳華君和馬英克為論文共同第一作者。這項(xiàng)研究得到了國(guó)家自然科學(xué)基金，中科院和農(nóng)業(yè)部項(xiàng)目等經(jīng)費(fèi)資助。

植物小分子RNA，主要包括microRNA和小干擾RNA，在基因的轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后調(diào)控過(guò)程中具有重要作用。第二代測(cè)序技術(shù)的逐漸成熟和廣泛應(yīng)用極大地推動(dòng)了小分子RNA相關(guān)研究的發(fā)展，對(duì)不同組織和材料中的小分子RNA進(jìn)行深度測(cè)序已成為研究小分子RNA的常規(guī)手段。因此，針對(duì)這些數(shù)據(jù)的生物信息學(xué)分析成為了研究者們面臨的日益突出的問(wèn)題。

在這篇文章中，研究人員介紹了一套在線的小分子RNA整合分析軟件psRobot。這一軟件僅需要用戶提交小分子RNA的成熟體序列，就可以借助多種預(yù)存的高通量數(shù)據(jù)系統(tǒng)的鑒定這些小分子RNA是否為microRNA（或具有發(fā)夾結(jié)構(gòu)前體的小RNA）以及它們的靶基因情況。

這個(gè)在線工具的網(wǎng)址是http://omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/，主要分為兩個(gè)功能模塊，第一個(gè)功能模塊提供與小分子RNA本身相關(guān)的信息，包括小分子RNA在參考基因組上的定位以及莖環(huán)結(jié)構(gòu)的位置、在不同小分子RNA合成蛋白突變體或AGO結(jié)合實(shí)驗(yàn)中的表達(dá)水平等。用戶可以基于上述分析結(jié)果來(lái)判斷小分子RNA的產(chǎn)生與作用過(guò)程。第二個(gè)功能模塊進(jìn)行小分子RNA的靶基因預(yù)測(cè)，提供包括參考序列庫(kù)中的所有靶基因位點(diǎn)列表、靶位點(diǎn)的多重性、靶位點(diǎn)的保守性以及降解組數(shù)據(jù)等生物實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)信息。

通過(guò)以上工具用戶可以方便地獲得所分析的小分子RNA的產(chǎn)生過(guò)程、作用機(jī)制以及具有的生物學(xué)功能等信息，為系統(tǒng)地研究小分子RNA的功能提供了極大的便利。

MicroRNAs (miRNAs)最早是在上世紀(jì)90年代初，Lee和Wightman等通過(guò)在線蟲(chóng)中分析發(fā)育時(shí)間突變體首次發(fā)現(xiàn)。但直到2001年后，才出現(xiàn)了集中研究這些調(diào)控性RNAs的專(zhuān)門(mén)領(lǐng)域，隨后科學(xué)家們?cè)诰€蟲(chóng)、果蠅和哺乳動(dòng)物中鑒別出大量?jī)?nèi)源表達(dá)的小RNAs。在此后的10年里，miRNA生物學(xué)研究獲得了令人矚目的關(guān)注，取得了飛速的發(fā)展。

而且在miRNAs的研究技術(shù)方面也發(fā)生了突飛猛進(jìn)的變化，尤其是測(cè)序技術(shù)的發(fā)展促使這一領(lǐng)域的研究也得到新發(fā)展，比如來(lái)自清華大學(xué)國(guó)家實(shí)驗(yàn)室生物信息學(xué)研究部的研究人員就發(fā)表文章，解析RNA深度測(cè)序分析方法。

他們提出了一種non-URD(N-URD)模型，可以用于推斷亞型表達(dá)水平，研究人員通過(guò)一系列的系統(tǒng)模擬研究，證明了這種模型超越了原始模型，能恢復(fù)主要亞型，分析可變亞型的表達(dá)比率。