Nature Genetics:衣原體原本的分類不可靠
日期:2012-03-16 10:35:12
來自歐洲、非洲和北美的研究人員開展了一項以基因組學為基礎的系統發育分析,發現沙眼衣原體(Chlamydia trachomatis)存在廣泛的重組。他們認為,沙眼衣原體分類所用的檢測往往不足以了解菌株之間的真實關系。該成果近日發表在《Nature Genetics》雜志在線版上。
通過對新近測序的分離株以及16個過去測序的分離株的系統發育分析,他們發現,與眼部感染、泌尿生殖道感染和全身性感染相關的沙眼衣原體基因組中存在重組。
沙眼衣原體是一類在細胞內寄生的微生物,大小約為250~450 nm。沙眼是一種我們比較熟悉的由沙眼衣原體引起的疾病。這種衣原體還會引起結膜炎、泌尿生殖道感染、性病性淋巴肉芽腫等。
根據宿主種類及所致疾病的不同,沙眼衣原體分為三個生物變種:沙眼生物變種,淋巴肉芽腫(LGV)生物變種和鼠肺炎生物變種。每個生物變種又分為若干個血清型。沙眼衣原體的分型主要是基于一種稱為主要外膜蛋白(MOMP)的細胞表面蛋白,或編碼這種抗原的ompA基因。然而,人們對其群體和進化遺傳學的了解很有限。
在這項研究中,研究人員對36個沙眼衣原體分離株的基因組進行了測序。這些分離株是在1959-2009年間從世界各地采集到的,其中包括12個L2b流行菌株、6個其他LGV菌株、14個泌尿生殖道菌株和4個眼部菌株。
為了完善他們的系統發育分析,研究小組還增加了過去測序的16個菌株的遺傳學數據,包括2個LGV菌株、11個泌尿生殖道感染相關菌株和3個眼部感染菌株。
他們的系統發育分析指向了三個譜系:一個由LGV菌株組成,而另一個包含兩個泌尿生殖道分支,其中一個又產生眼部分離株的分支。
與研究人員的預計不同,基因組數據表明,不同類別的分離株之間存在著廣泛的混合與配對。研究人員表示,盡管沙眼衣原體有足夠的遺傳硬件來開展重組,但長期以來人們都認為它們沒有。
文章的通訊作者,Wellcome Trust Sanger研究院的Nicholas Thomson談到:“我們確實發現重組存在于臨床分離株之間,幾乎是你想到的任何重組。現實情況是不存在重組的物理障礙。幾乎所有菌株都互相重組。”
更讓人吃驚的是,一些重組事件還包括了編碼MOMP抗原的基因。研究小組發現,一些有著相同ompA序列的菌株分布在進化樹的不同分支上,暗示這種血清型標志物并不是特別好。
研究人員認為,在大部分情況下,新的研究成果并不會影響衣原體感染的診斷和治療方式,因為臨床上關心的通常是是否存在沙眼衣原體。但他們預計,這項成果會對今后沙眼衣原體的研究方式產生直接影響。
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