科學家們為了能深入了解特異性基因表達，發展了許多實驗技術，比如芯片技術，PCR，高通量測序等，但是要想得到精確的結果，仍然依賴于實驗操作人員對于技術掌握的熟練程度。而且隨著基因表達研究越來越多，為了確保公布的結果的精確性，對于相關分析也越來越嚴格。不過所幸目前也有了更多基因表達分析相關的產品，這些產品帶來的新技術也許能幫助我們解決難題。

計數表達

“過去所有用于分析基因表達的方法都是相對間接的方法——通過轉錄標記，和芯片雜交檢測表達水平”，來自Illumina國內公司的資深科學家Gary Schroth說，“目前發展趨勢很清楚，世界正朝著測序，或者說是計數分析發展”，RNA測序也更多的計數分析，直接分析生物樣品中的分子特征。

2007年1月，Schroth研究組研發了一種稱為RNA-seq的實驗方法，這種方法能完成cDNA全長的測序。在短短幾年間，這種技術已經應用于多篇發表文章中，正如Schroth自己所說的，“現在，有超過300份同行評審發表文章采用了RNA-seq方法”，他也提及了增長的高通量——從2007年的每次完成4000-6000萬發展到了今天Illumina HiSeq 2000系統的3億。讀長也翻了三倍，而且如今研究采用的也大多是雙末端測序方法。

同時一些上市的試劑盒也促進了RNA測序的發展，比如Illumina2010年底推出的TruSeq RNA Sample Prep Kits，這一試劑盒能從總RNA生成文庫，并與Illumina測序產量兼容。與之前的方法相比，預混液試劑排除了大部分移液步驟，并減少了純化次數，讓手工操作時間降至最低。全新的自動化友好的流程形式能夠平行處理最多96個樣品。通過目前新一代測序平臺上最易用的樣品制備流程，這實現了經濟、高通量的RNA測序研究。