這項技術稱為“HeliScopeCAGE”，它將RIKEN的CAGE（Cap Analysis of Gene Expression）與第三代測序公司Helicos BioSciences的Helicos遺傳分析系統相結合，為稀有細胞群體的基因表達網絡分析開啟了大門。

CAGE是近年出現的一種分析RNA轉錄本的高效方法。它由日本科學家Hayashizaki等開發，能產生樣品中mRNA的5’端快照。這種技術實現了高通量的基因表達分析以及轉錄起點的圖譜分析。

目前有很多方法能確定轉錄本的豐度，包括RT-PCR、EST測序、SAGE和大規模平行測序等，這其中大部分都依賴3’端的序列。但是對于轉錄起點和相關啟動子的鑒定，5’端特異的特征序列則是表達譜注釋所必需的。因此，研究人員開始利用CAGE進行5’端短序列標簽的克隆。

近幾年，新一代測序儀就基因在分子水平如何表達提供了日漸詳細的信息。這些基因的轉錄產物揭示了轉錄本結構和功能的復雜度，為了解癌癥及其他疾病的分子性質提供了線索。

對于HeliScopeCAGE，研究人員修改了原先的CAGE步驟，以便與HeliScope 單分子測序儀共同使用。與之前的測序儀不同，HeliScope測序儀不采用PCR反應來擴增DNA鏈，此過程可能會將偏差引入數據。相反，HeliScope測序儀真正對DNA鏈本身測序，實現了高度精確的測定。

RIKEN的研究人員證實了這種直接方法能減少偏差，為低至100 ng，高至5 μg的總RNA帶來高度重復的數據。白血病細胞系THP-1和人子宮頸癌細胞系HeLa之間的比較進一步說明，這種技術產生的結果與傳統芯片分析的結果高度相關。