結腸癌分子發病機理的新發現
日期:2017-03-09 08:51:54
根據凱斯西儲大學醫學院發表在Nature Communications上的最新研究,科學家們發現,在結腸癌基因外的增強子能夠助長腫瘤增長。并且該區域基因的變異在腫瘤樣品中高度保守,暗示著一個可以用于藥物開發的常見機制。
增強子是一段短DNA序列,能夠充當開關,調節基因、激活基因。它們散布在整個基因組,當DNA發生扭曲和折疊時它們就會與相對較遠的DNA結合。新的研究發現,結腸癌基因的染色體上存在高增強子 活性的“熱點”。
凱斯西儲大學醫學院遺傳學和基因組學助理教授,Peter Scacheri博士是本文的通訊作者,他說:“我們的數據表明,結腸癌細胞的生存往往取決于相關基因的表達,而相關基因的表達與他們共用的增強子的變化有關。而這些共用增強子的變化關系則某人終身患結腸癌的風險。
Scacheri的團隊鑒定了結腸癌樣本中上千個非正常的增強子原件。當研究人員對增強子進行基因干預后,之前已經被激活了的結腸癌基因停止了活動。研究人員建議,操縱增強子或可關閉結腸癌基因,以達到延緩腫瘤進程的作用。
這項研究測試了42個基因型不同的結腸癌樣本。文中總結“在單一類型癌癥中,這是迄今為止最大范圍的對增強子變化的描述“。文章提到了之前研究發現的導致結腸癌的基因突變,也指出了腫瘤基因以外的DNA區域同樣在疾病中起作用。不僅是研究突變問題,在結腸癌研究中,需要補充增強子研究。
Scacheri說,DNA能夠通過特殊的化學標簽識別增強子,增強子在DNA序列中就像一串燈泡一樣排列。識別常見的增強子變化有助于我們找出特定的一組基因,在正常細胞向癌細胞轉化的過程中,該組基因始終處于接通(表達)狀態。這些開關決定了腫瘤的狀態,對腫瘤生長來說,“開關”和“突變”同樣重要。
在美國,結腸癌是男性女性高發癌癥,結腸癌位列二號死亡殺手(No.1的是肺癌)。在中國,結腸癌男性患者死亡率排第五,女性患者死亡率排第四。增強子的變化可以作為對抗疾病的新治療靶點。Scacheri說,我們的下一步計劃是確定增強子對結腸癌的常用促進形式,以及我們是否可以,在不傷害正常細胞的前提下,以破壞它們作為殺死腫瘤細胞的一種策略。
原文標題:
Hotspots of aberrant enhancer activity punctuate the colorectal cancer epigenome
編者按(后記):自人類基因組測序工作完成以后,研究人員發現能夠編碼蛋白質的DNA僅占人類基因組的1%。有很長一段時間,科學家們忽視了其余99%的非編碼DNA(或稱“垃圾DNA”)的作用,隨著時間推移,科學家們對“垃圾DNA”的認識逐漸深入,慢慢地發現其實很多非編碼DNA有著獨特的作用。
近期,除了這篇Nature Communications的文章以外,發表于Nature Genetics雜志的“Accounting for genetic interactions improves modeling of individual quantitative trait phenotypes in yeast”(Nature子刊:基因網絡對基因功能的影響)一文提到,基因是網絡集成化工作的,它們中的一些成員承擔了許多其他基因的“調節開關”; Nature Methods雜志也發文“Salmon provides fast and bias-aware quantification of transcript expression”(Nature Methods新方法能矯正RNA-seq測序的技術偏差)表示,自閉癥患者的基因組拷貝數和染色體異常十分常見,許多變異出現在曾經被認為是“垃圾DNA”的基因組中。垃圾DNA,也稱非編碼DNA,近年來研究表明它們調控著很多基因的開啟和關閉,尤其是大腦發育和功能的精確調控;Neuroscience雜志的一篇技術性文章“Salmon provides fast and bias-aware quantification of transcript expression”(Nature Methods新方法能矯正RNA-seq測序的技術偏差),也強調了基因表達變化,而非單純的基因測序,對疾病研究的意義。
過去,對非編碼DNA的忽視,以及研究方法的缺乏,導致我們對調控DNA的數量、表達的監視與DNA真實存在的數量產生差異。對這些差異的糾正,以及對非編碼DNA的深入了解,將會極大地豐富我們對生命的認識,打開治愈某些疾病的大門。
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