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RNA-seq尋找生物標志物將更簡單

日期:2016-08-17 09:00:53

 最近,瑞典卡羅林斯卡學院和愛沙尼亞醫療技術能力中心的科學家合作,開發出了一種新的基因表達分析方法,讓通過全血RNA-seq進行生物標志物的發現和分析,將會變得更為簡單。他們的研究結果發表在812日的《Scientific Reports》雜志。

 

血液攜帶的細胞,可提供多種有用的生物標志物。血液作為一種液體活檢,在臨床研究中有著廣泛的應用,因為其取樣的簡便性和快速動態性:大多數的細胞是攜帶氧的紅細胞,在所有血液RNA當中致使球蛋白RNA分子50%80%的富集。

 

技術上的偏差

 

球蛋白如此高的普遍性,因此,血液相關基因表達生物標志物的研究,就變得復雜化,從而造成了技術偏差,并留下了無法探測到的生物相關分子。根據研究人員介紹,這項研究首次介紹了一種詳細方法——GlobinLockTM——能夠克服紅細胞引起的血樣分析的局限性,紅細胞使得從血液中識別或跟蹤下游的任何生物標志物,都變得復雜化。已公布的和正在申請專利的試驗,最大限度地減少了對試劑和樣品材料的需求,從而使得它成為一種有效和強大的工具。

 

本文第一作者、Kaarel Krjutškov博士說:“GlobinLock的球蛋白下降率,對于任何應用程序來說是足夠的。它將球蛋白的普遍率從以前的63 %減少到了5%,這使得它成為生物科技公司的一種有效工具,被添加到試劑盒中。”

 

DNA

 

這種新的方法包括一對短的合成DNA鏈,通過高度特異性結合,可沉默大多數的球蛋白RNA分子。根據研究人員解釋,這兩條鏈被引入到純化的RNA樣品中,并且,在RNA變性后是立即有效的,整個互補的DNA合成過程,只有十分鐘的潛伏期。

 

鎖定的DNA分子特異性地結合在球蛋白的RNA poly-A位點,這還需要進一步分析。因此,在下游操作之前,球蛋白RNA是被“鎖定的”,在血液RNA生物標志物的應用中并不會引起技術的偏差。

 

Juha Kere教授說:“我們發現,球蛋白鎖定是完全有效的,不僅適用于人類的樣本,也廣泛適用于動物模型,如小鼠、大鼠、牛、狗甚至斑馬魚。”

 

應用測序技術尋找生物標志物,已經有了一系列的研究進展,例如,201410月,蘇州大學第一附屬醫院譚友文副教授帶領的團隊對血清microRNAmiRNA)的表達譜進行研究,確定其是否可作為HCC的一種新的診斷標志物,研究成果發表在PLoS ONE上。

 

2015年,日本理化學研究所(RIKEN)生命科學技術中心(CLST)和澳大利亞Harry Perkins醫學研究所的研究人員通過RNA測序,發現了很多個基因,它們在許多不同類型的癌癥中是上調的,從而為開發生物標志物檢測、早期發現癌癥進而及時治療,提供了機會。相關研究結果發表于《Cancer Research》。

 

今年2月,浙江大學細胞生物學研究所李繼承教授領銜的課題組采用iTRAQ標記結合2D LC-MS/MS,以及Solexa測序對MDR-TB患者,藥物敏感結核?。?/span>DS-TB)患者,和健康對照組血清中的蛋白質組和miRNA組進行了比較分析,鑒定出MDR-TB診斷的潛在生物標志物。

 


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