在女性胚胎發育的早期，所有細胞中會發生一個至關重要的事件：一條X染色體被沉默。男性只有一條X染色體，而女性則有兩條——這意味著她們的X染色體會生成兩倍量的蛋白質。太多的蛋白質可能是致命的，因此自然找到了一種方法來關閉X染色體。

發表在《科學》（Science）雜志上的一篇新論文闡明了這一過程中的一個關鍵步驟，第一次證實了細胞核中DNA三維結構的改變是X染色體沉默，又叫做X失活的必要條件。更具體地說，這項研究證實了一個叫做Xist的分子對這種DNA重塑負責，這些改變導致了染色體沉默。

這項研究的領導者、加州理工學院生物學助理教授Mitchell Guttman說：“我們有這一雞和蛋的問題，是因為我們知道在X失活過程中發生了DNA結構改變，但我們不知道是這些改變引起了X染色體沉默，還是它們僅僅是X染色體沉默的結果。超越X染色體，我們的研究結果還強調了DNA動態重排在開啟和關閉不同基因中起重要作用。”

該研究是一項國際合作的組成部分，目的在于更好地了解DNA包裝成為細胞核中三維結構的機制，及這一結構改變導致基因沉默和失活的機制。在任何指定的細胞中不同的基因或者開啟或者關閉；當它們開啟時，會生成蛋白質。DNA的形狀和折疊方式控制了這一過程，但目前尚不清楚其細節。近期由美國國立衛生研究院發起的4D核小體（Nucleom）計劃旨在解決這一DNA結構謎題，以及它在各種人類疾病諸如癌癥和過早老化疾病中的作用。

在這項新研究中，研究人員將焦點放在了Xist，過去人們已知Xist在X染色質沉默中發揮了作用。Xist屬于一類稱作為長鏈非編碼RNA（lncRNA）的RNA分子。常規的RNA分子：信使RNA充當了生成蛋白質的模板，諸如Xist一類的lncRNAs則可直接結合DNA開啟和關閉基因。在過去的十年里，已發現了成千上萬的lncRNAs。

以往的一些研究表明，Xist結合了沉默X染色體（而非活化X染色體）的DNA鏈。研究人員還知道，DNA三維結構以及在細胞中的位置發生改變與X染色體沉默有關聯。但卻不清楚Xist是否在這一結構DNA改變中起作用及其作用機制。

新研究概述了Xist協調染色體沉默的過程，并介紹了一個關鍵的作用因子：定位在核膜中的lamin B受體蛋白。

“我們的研究證實通過直接與lamin B受體互作，Xist招募X染色體到核膜處，通過這一過程導致了細胞核中的DNA三維結構發生改變。這一過程使得Xist能夠遍及整條X染色體實現整條染色體沉默——這一在胚胎發育過程中至關重要的作用，”論文的第一作者、Guttman實驗室的研究生Chun-Kan Chen說。

X染色體是研究DNA結構與基因沉默之間關系的一個良好模型，因為整條染色體是被一個RNA分子所失活。而其他的染色體則經歷的是更為局部的基因沉默。Guttman和他的研究小組正在計劃其他的研究來探究DNA轉變形狀與細胞中其他基因調控之間的關系。

長期以來人們都認為失活的X染色體是一種相當無組織的緊密結構，但發表在2016年7月Nature雜志上的新研究揭示出，高度組織化的染色體包含兩種不同的壓縮失活DNA葉，一些較小的結構化活化DNA結構域嵌入其中。這些稱作為拓撲相關結構域（topologically associated domain）的較小結構域是高度界定的遺傳“區域”，也存在于其他染色體上。這些結構域在基因表達中起著重要的作用，它們存在于失活的巴爾氏小體令人感到驚訝。

通過體外受精(IVF)懷孕生下男孩的可能性大于女孩。現在，來自中國農業大學的一個研究小組發現， 是X染色體失活——雌性胚胎一條X染色體沉默的過程出現問題，導致了小鼠中這樣的性別比例傾斜。該研究小組還證實了一種方法即改變小鼠植入前IVF胚胎的培養基就可以逆轉這種雄性優勢比。這些研究結果發布在2016年3月7日的PNAS上。

來自加州理工學院的研究人員發現了一類豐富的RNA基因——長鏈非編碼RNAs(lncRNAs)是如何調控一些關鍵基因的。通過研究一種叫做Xist的重要lncRNA，科學家們確定了這種RNA聚集一組蛋白質，最終阻止女性擁有一條額外的功能性X染色體的機制。在女性胚胎中多出一條功能性X染色體可以導致早期發育階段死亡。這是研究人員首次揭示出lncRNA基因的詳細作用機制。研究論文發表在2015年4月27日的Nature雜志上。