盡管使用CRISPR/Cas9技術用于基因組編輯和基因敲除的日益普及，其性能仍然依賴于精心設計的單向導RNAs（sgRNA）。7月10日，同濟大學、哈佛大學公共衛生學院和浙江大學等處的研究人員，在國際權威雜志《Bioinformatics》發表題為“CRISPR-DO for genome-wide CRISPR design and optimization”的學術成果。同濟大學講座教授、哈佛大學公共衛生學院教授、Dana-Farber腫瘤研究所的劉小樂(Xiaole Shirley Liu)博士、同濟大學生命科學與技術學院博士生導師劉琦（Qi Liu）教授和哈佛大學公共衛生學院、Dana-Farber腫瘤研究所的Han Xu，是本文共同通訊作者。

在這項研究中，該研究小組提出了一種網絡應用程序（CRISPR-DO），用于spCas9 CRISPR系統中引導性序列的設計和優化——在人類、小鼠、斑馬魚、果蠅和線蟲基因組中。CRISPR-DO使用一種計算序列模型來預測sgRNA效率，并采用一種特異性的記分函數來評估脫靶效應的可能性。它還提供了關于靶序列功能性保護，以及與外顯子、推定調控序列和單核苷酸多態性（SNP）重合的信息。該網絡應用程序有一個容易使用的基因組瀏覽器界面，以方便選擇最好的靶DNA序列用于實驗設計。目前，CRISPR-DO在以下網站是可用的：http://cistrome.org/crispr/。

劉小樂青年時代就讀于天津南開中學, 1992 年考入北京大學生物系。1994 年轉學到美國史密斯女子學院 (Smith College) 雙修生物化學和計算機科學, 三年后以最高拉丁榮譽畢業 (Summa Cum Laude, 授予全校積分最高的 1% 的畢業生)。2002 年于斯坦福大學取得生物醫學信息學博士和計算機科學輔修博士學位后, 被直接聘為哈佛大學終身制助理教授。她目前擔任哈佛大學公共衛生學院生物統計與計算生物學系的終身正教授、Dana-Farber 腫瘤研究所功能性癌癥表觀遺傳組學中心主任, 和同濟大學生物信息學系教授并長江學者講座教授。

劉小樂教授帶領的研究小組最近在國際著名學術期刊上發表了多項研究成果。今年3月，來自同濟大學，Dana-Farber癌癥研究所等機構的研究人員，通過綜合分析揭示出了前列腺癌中由長鏈非編碼RNA（lncRNA）介導的一個海綿調控網絡。這一研究發現發布在《自然通訊》（Nature Communications）雜志上。

高通量實驗中的噪音和偏好使高維基因組數據分析成為了一項很大的挑戰。Dana-Farber癌癥研究所的劉小樂 (Xiaole Shirley Liu) 和德克薩斯大學西南醫學中心的Yang Xie領導研究團隊對此進行了深入研究。他們開發了一種強大的計算方法——MANCIE，并將其發表在今年四月十三日的Nature Communications雜志上。

今年五月三十日，劉小樂帶領的研究小組在Nature Genetics雜志上發布了一種新的計算方法，該方法可以幫助人們用RNA-seq數據從頭組裝腫瘤浸潤T細胞的CDR3序列。