華人學者推出CRISPR新設(shè)計工具
日期:2015-11-05 10:54:36
細菌一直在與病毒或入侵核酸進行斗爭,為此它們演化出了多種防御機制,CRISPR/Cas適應(yīng)性免疫系統(tǒng)就是其中之一。規(guī)律成簇的間隔短回文重復(fù)CRISPR與內(nèi)切酶Cas9的組合,可以在引導(dǎo)RNA的指引下,靶標并切割入侵者的遺傳物質(zhì)。
2012年研究者們利用這一特點,將CRISPR系統(tǒng)發(fā)展成了強大的基因組編輯工具。該系統(tǒng)使用簡單而且擴展性強,很快便成為了生物學領(lǐng)域的香餑餑。2015年基因組編輯熱潮在持續(xù)發(fā)酵,CRISPR/Cas9仍舊是最引人注目的話題之一,相關(guān)論文被大量下載和引用。
然而CRISPR/Cas9系統(tǒng)的應(yīng)用還存在一個很大的問題,那就是缺乏設(shè)計引導(dǎo)RNA(sgRNA)的有效生物信息學工具。為了解決這一迫切的需要,華盛頓大學的王小偉(Xiaowei Wang)博士領(lǐng)導(dǎo)研究團隊揭示了功能性引導(dǎo)RNA的特點,為人們提供了設(shè)計引導(dǎo)RNA的新工具。這一成果發(fā)表在十一月二日的Genome Biology雜志上。
幾乎所有實驗室都可以很方便的進行CRISPR基因組編輯,你只需要在自己感興趣的細胞或生物中表達Cas9內(nèi)切酶和引導(dǎo)RNA(gRNA)。內(nèi)切酶Cas9會在gRNA的指導(dǎo)下引入位點特異性的雙鏈斷裂,然后細胞通過同源重組進行修復(fù),最終改寫基因組的特定位點。
研究人員對CRISPR RNA-seq數(shù)據(jù)進行分析,鑒定了許多代表高效sgRNA的新特征。他們在此基礎(chǔ)上開發(fā)了一個生物信息學工具,可以幫助研究者們設(shè)計更加有效的sgRNA。這些sgRNA和設(shè)計工具可以在WU-CRISPR網(wǎng)頁上免費獲取。
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