在线日韩日本国产亚洲丨少妇伦子伦情品无吗丨欧美性猛交xxxx免费看蜜桃丨精品人妻系列无码一区二区三区丨亚洲精品无码不卡在线播放

Your Good Partner in Biology Research

表觀基因組和轉錄組數據分析新平臺

日期:2015-08-11 09:02:26

 高通量測序,可提高我們進行全基因組研究的能力,從而徹底改變了生物學研究。然而,由于缺乏生物信息學專業知識,現代技術仍然超出了許多實驗室的能力范圍。八月七日在國際著名學術雜志《Genome Biology》發表的一項研究中,來自美國辛辛那提大學醫學院的研究人員,提出了一種BioWardrobe平臺,可讓用戶使用一種方便生物學家的Web界面,存儲、可視化和分析表觀基因組學轉錄組學數據,而不需要專業的編程知識。

 

新一代測序NGS)為基礎,分析基因表達、染色質結構和蛋白質–DNA相互作用的方法飛速發展,為分子生物學打開了新的視野。這些方法包括RNA測序(RNA-seq)、染色質免疫沉淀測序(ChIP-seq)、DNase I測序(DNase-Seq)、微球菌核酸酶測序(MNase-SEQ)、易接近轉座酶染色質測序法(ATAC-Seq)等等。

 

在“濕實驗室(wet lab)”的一面,這些方法在很大程度上已被很好地確定,可以由有經驗的分子生物學家執行;但是,分析測序數據需要生物信息學專業知識,許多分子生物學家并不具備。重新利用已公布的數據集也具有挑戰性:雖然作者通常符合長期需求,將原始數據文件存放到數據庫,如Sequence Read Archive (SRA)Gene Expression Omnibus (GEO),但是,如果沒有專業知識,就不可能分析這些數據。

 

即使處理后的數據文件(例如,基因表達值)是可用的,但是,直接在數據集之間進行比較也是不明智的,因為不同的實驗室使用不同的方法(或不同的軟件版本)。這意味著,甚至連最簡單的任務,生物學家都需要生物信息學家的幫助,例如在一個基因組瀏覽器上查看自己的數據,從而讓許多實驗室難以企及這些令人興奮的技術。即使生物信息學家參與,但是合作優先權的差異,可能會導致誤解,不利于研究工作。為了減輕這些問題,一個最佳途徑是,開發容易使用的數據分析軟件,使生物學家即使沒有生物信息學家的幫助,也能執行最基本的基本任務。

 

多個獨立的程序和Web服務,可用于NGS數據分析。然而,大多數現有的可用工具都有一個命令行界面,執行一個特定的任務,并且通常需要它們之間的文件轉換。一些流行的軟件包,如HOMERTuxedo,被組織在一起,并包括能夠執行多個任務的組件,從而解決了互操作性問題。然而,這種優秀的工具仍然需要使用命令行,并具有有限的可視化選項。

 

商業程序GeneSpringPartekGolden Helix,可以在普通的臺式電腦上運行,并可分析基因表達或基因變異。然而,用戶必須手動加載數據并將其存儲在他們的臺式電腦中;考慮到NGS數據的數量龐大,這種設置使得數據分析變得復雜。

 

此外,這些工具不允許多個已發布或本地產生的數據集進行無縫整合。Illumina BasespaceGalaxy服務器,可對數據進行存儲和分析,并有完整的查看工具。然而,它們需要外部機構的數據傳輸,只能為用戶數據提供有限的存儲空間。雖然Galaxy提供了不使用命令行界面運行工具的機會,但是用戶仍然需要管理文件類型轉換,并且每次都要選擇詳細的參數,這需要深入了解每種工具和文件格式。沒有穩定的流程,可能會導致沒有經驗的用戶比較“蘋果和桔子”。總之,很少有可用的工具能夠為生物學家提供一個友好的界面,并且,沒有一種工具,能夠將這樣的界面與數據存儲、顯示和分析整合起來。

 

基于此,該研究小組開發了BioWardrobe,一種方便生物學家使用的平臺,將NGS數據采集、存儲、顯示和分析整合起來,主要旨在用于基因組學領域的研究。BioWardrobe功能包括:從核心設施或在線數據庫(例如,GEO)下載原始數據,讀取顯示在加利福尼亞大學本地實體、UCSC基因組瀏覽器上的映射和數據,質量控制和基本、先進的數據分析。

 

在基本分析中,自動化程序用于處理每個實驗。程序的選擇是基于生物學家友好的實驗參數(例如,RNA / ChIP-seq、雙/單、基因組、抗體)和其他研究機構開發的工具,結合自行開發的工具(例如,BowtieSTARFASTXMACS2),通過提供額外的信息提高原有軟件的輸出,提供有意義的質量控制,并在Web界面顯示結果。

 

在基本分析過程中產生的質量控制,被選擇來幫助進行實驗程序的故障排除。可定制的先進分析可以結合多個實驗,并包括比較基因表達(DESeq1 / 2)和基因組占有(MAnorm)的工具,使用圖形用戶界面分析樣品或樣品組,并產生主成分分析圖、基因列表、平均標記密度分布和熱圖。

 

R編程語言的一個內置接口,可促進額外的自定義腳本合并。所有的預計算數據都存儲在一個SQL數據庫中,并可以通過一個方便的Web界面讓生物學家訪問。另一方面,生物信息學家可以使用一個提供的R庫或使用其他編程語言,訪問數據。BioWardrobe可以在LinuxMacOSX系統上運行。安裝包和說明可在GNU GPL v.2下使用。

 


主站蜘蛛池模板: 久久综合99re88久久爱| 国产亚洲精品在av| 少妇人妻无码专区视频| 日韩精品视频一区二区三区| 中文字幕乱码人妻一区二区三区 | 中文字幕亚洲欧美在线不卡| 大陆国语对白国产av片| 日日躁夜夜躁白天躁晚上| 国产成人综合久久精品推下载| 久激情内射婷内射蜜桃人妖| 亚洲精品四区麻豆文化传媒| 日韩亚洲国产激情一区浪潮av | 夜夜添无码一区二区三区| 狂野欧美性猛交免费视频| 成人毛片无码免费播放网站| 成人爽a毛片免费看| 国产下药迷倒白嫩美女网站| 国语自产偷拍精品视频偷| 无码人妻精品一区二区三区99不卡 | 欧美三级在线播放| 亚洲 欧美 日韩 综合aⅴ| 国内自产少妇自拍区免费| 国产精品午夜福利麻豆| 伊人中文字幕无码专区| 性按摩玩人妻hd中文字幕| 国产精品永久免费| 欧美成人精品三级一二三在线观看 | 专干熟肥老妇人视频在线看| 蜜臀av片在线观看| 中文天堂资源在线www| 国产无套内射久久久国产| 成人高潮视频在线观看| 天堂亚洲2017在线观看| 军人粗大的内捧猛烈进出视频| 国产精品无码一区二区三区电影| 超碰色偷偷男人的天堂| 国产精品高潮呻吟av久久小说| 巨爆乳中文字幕巨爆区巨爆乳无码 | 亚洲日韩看片无码电影| 久在线视视频在线观看| 亚洲a无码综合a国产av中文|