在生物學中，位置信息是很重要的。mRNA是活躍基因的功能性拷貝，它們在活組織中的定位，往往與細胞和組織的生長發育調控有關。以往人們要磨碎細胞才能同時分析多個mRNA，但這樣就無法了解mRNA在細胞中的定位。

哈佛醫學院Wyss研究所的科學家們解決了這個問題。George M Church和Je Hyuk Lee領導團隊開發了熒光原位RNA測序（FISSEQ）技術，該技術可以在固定的細胞和組織中，獲得全基因組范圍的基因表達圖譜。

著名遺傳學George M. Church是哈佛醫學院的遺傳學教授、Wyss研究所的核心成員。他被譽為是個人基因組學和合成生物學的先鋒。1984年，Church和Walter Gilbert發表了首個直接基因組測序方法，該文章中的一些策略現在仍應用在二代測序技術中。此外，如今的多重化分子技術和條碼式標簽也是他發明的。Church還是納米孔測序技術的發明者之一。

FISSEQ最初發表在去年的《科學》（Science）雜志上，研究人員在模擬的創傷修復實驗中，全面分析了人類原代成纖維細胞的RNA表達和定位。最近，他們又在Nature Protocols上公布了FISSEQ技術的詳細步驟。

RNA測序（RNA-seq）可以在整個轉錄組中定量評估基因表達發生的改變，但它無法提供基因表達的位置信息。原位雜交能夠告訴我們基因表達的位置，但一次只能檢測少量基因。與傳統方法不同的是，FISSEQ能揭示環境特異性的轉錄本，保留RNA定位所需的組織結構。

FISSEQ主要是將RNA轉化為交聯的cDNA擴增子，然后在共聚焦顯微鏡上進行測序。該技術適用于組織切片和完整的胚胎，不太受光學分辨率的限制，還能減少單分子檢測中的噪聲信號。這一技術可以實現遺傳學元件的大規模平行檢測，幫助研究者們分析細胞表型、基因調控和原位環境。

文章指出，文庫構建和測序可以在14天內完成，圖像分析需要兩天時間。有細胞顯微操作經驗的人都能用上FISSEQ，該技術對計算處理能力的要求很低。