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RNA相關(guān)名詞

日期:2010-08-05 11:50:21

1.RNAi:

        近年來的研究表明,一些小的雙鏈RNA可以高效、特異的阻斷體內(nèi)特定基因表達(dá),促使mRNA降解,誘使細(xì)胞表現(xiàn)出特定基因缺失的表型,稱為RNA干擾(RNA interference,RNAi,也譯作RNA干預(yù)或者干涉)。它也是體內(nèi)抵御外在感染的一種重要保護(hù)機制。

2.siRNA:

        siRNA(small interfering RNAs)是一種短片斷雙鏈RNA分子,能夠以同源互補序列的mRNA為靶目標(biāo)降解特定的mRNA,這個過程就是RNA干擾途徑(RNA interference pathway)。

3.RISC:

        在RNAi效應(yīng)階段,siRNA雙鏈結(jié)合一個核酶復(fù)合物從而形成所謂RNA誘導(dǎo)沉默復(fù)合物(RNA-induced silencing complex, or RISC)。激活RISC需要一個ATP依賴的將siRNA解雙鏈的過程。激活的RISC通過堿基配對定位到同源mRNA轉(zhuǎn)錄本上,并在距離siRNA3端12個堿基的位置切割mRNA(3, 18, 27, 29)。盡管切割的精確機制現(xiàn)在還是未知,研究表明每個RISC都包含一個siRNA和一個不同于Dicer的RNA酶。

4.Dicer:

        Dicer的酶,是RNaseIII家族中特異識別雙鏈RNA的一員,能以一種ATP依賴的方式逐步(processive)切割由外源導(dǎo)入或者由轉(zhuǎn)基因、病毒感染等各種方式引入的雙鏈RNA,切割將RNA降解為19―21bp的雙鏈RNAs(siRNAs),每個片斷的3端都有2個堿基突出(27, 28)。

5.PTGS:

        Post-transcriptional Gene Silencing (PTGS) 部分的植物中的基因沉默是在轉(zhuǎn)錄后發(fā)生的,稱為post-transcriptional gene silencing。它是相對于部分植物中發(fā)生的轉(zhuǎn)錄階段的基因沉默(PGS)而言的。

6.基因沉默:

        研究結(jié)果發(fā)現(xiàn)有大量的轉(zhuǎn)基因植株不能正常表達(dá),通常這并不是由于轉(zhuǎn)基因的缺失或突變引起的,而是基因失活的結(jié)果.這種失活的現(xiàn)象稱為基因沉默。

7.RNA transfection:

 即RNA轉(zhuǎn)染。

8.Sense RNA:

 正義RNA。

9.Antisense RNA:

 反義RNA。

10.19+2+2 nt siRNA:

        在細(xì)胞中雙鏈RNA一般都被切割成21-23小片段,這樣的RNA片段能達(dá)到更好的RNAi作用。人工合成的siRNA也是依據(jù)這個原理,所合成的RNA就是19nt的堿基序列再加上兩端的識別序列如-GG,-TT等。

11.BLAST:

        Basic Local Alignment Search Tool,基本的基于局部對準(zhǔn)的搜索工具;一種快速查找與給定序列具有連續(xù)相同片斷的序列的技術(shù)。

12.Entrez:

        美國國家生物技術(shù)信息中心所提供的在線資源檢索器。該資源將GenBank序列與其原始文獻(xiàn)出處鏈接在一起。

13.NCBI:

        美國國立生物技術(shù)信息中心(National Center for Biotechnology Information),為美國國家醫(yī)學(xué)圖書館(NLM)和國家健康協(xié)會(NIH)下屬部門之一,1988年設(shè)立。主要提供生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的信息學(xué)服務(wù),如世界三大核酸數(shù)據(jù)庫之一的GenBank數(shù)據(jù)庫,PubMed醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)檢索數(shù)據(jù)庫等。

14.GenBank:

       GenBank 是 NIH 的基因序列數(shù)據(jù)庫,是所有公開的DNA序列的集合 ( Nucleic Acids Research 1998 Jan 1;26(1):1-7). 截至1998年12月,GenBank大約收集了 2,162,000,000 個堿基、3,044,000 個序列。

15.DUST:

        A program for filtering low complexity regions from nucleic acid sequences。

16.Ribosomal RNA:

        核糖體RNA,簡寫為rRNA。是一組存在于核糖體中的RNA分子。

17.UniGene:

        美國國家生物技術(shù)信息中心提供的公用數(shù)據(jù)庫,該數(shù)據(jù)庫將GenBank中屬于同一條基因的所有片斷拼接成完整的基因進(jìn)行收錄。

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