目前，日本RIKEN生命科學(xué)技術(shù)中心開發(fā)出一種免費(fèi)可用的新型生物信息工具——ZENBU，可讓研究人員快速輕松地對(duì)大規(guī)模下一代測(cè)序?qū)嶒?yàn)中產(chǎn)生的大量基因組信息，進(jìn)行整合、形象化和比較分析。

下一代測(cè)序（Next-generation sequencing）技術(shù)已經(jīng)徹底改變了功能基因組學(xué)，例如轉(zhuǎn)錄組測(cè)序RNA-seq、染色質(zhì)免疫共沉淀測(cè)序ChIP-seq和CAGE（Cap Analysis of Gene Expression）這些解決方案，正被世界各地的研究人員廣泛使用，例如利用RNA-seq研究非模式生物。這些方法的力量在于，它們使轉(zhuǎn)錄組和轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的全基因組發(fā)現(xiàn)成為可能，這是理解健康和患病人群細(xì)胞功能的分子機(jī)制以及癌癥之類疾病發(fā)展的關(guān)鍵。來自多項(xiàng)實(shí)驗(yàn)的數(shù)據(jù)整合，是結(jié)果分析的一個(gè)重要方面，但是，產(chǎn)生的越來越多的數(shù)據(jù)集，使分析結(jié)果的全面比較和分析變得十分繁瑣。

在2014年3月份的《Nature Biotechnology》雜志上發(fā)表的一項(xiàng)研究中，Jessica Severin及其同事描述了ZENBU的開發(fā)，這種工具能夠?qū)⒒蚪M瀏覽器與數(shù)據(jù)分析和一個(gè)被鏈接的表達(dá)視圖結(jié)合起來，以便于大量下一代測(cè)序數(shù)據(jù)集結(jié)果的交互式可視化和比較分析。ZENBU與以前可用工具的關(guān)鍵區(qū)別在于，它能夠通過關(guān)聯(lián)的基因組定位和表達(dá)信號(hào)視圖，在一個(gè)交互式可視化環(huán)境中，將成千上萬(wàn)的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)動(dòng)態(tài)地結(jié)合起來。這使得科學(xué)家們能夠?qū)⑺麄冏约旱膶?shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，與當(dāng)前存入系統(tǒng)的超過6000個(gè)ENCODE和FANTOM聯(lián)合數(shù)據(jù)集相比較，從而使他們能夠發(fā)現(xiàn)新奇有趣的生物學(xué)機(jī)制。該工具被設(shè)計(jì)用于整合上百萬(wàn)個(gè)任何種類的實(shí)驗(yàn)/數(shù)據(jù)集（RNA-seq、ChIP-seq或CAGE），因此它被命名為：ZENBU，在日文中表示“all”或“everything”的意思。

ZENBU在網(wǎng)上是免費(fèi)自由獲取的，可用于個(gè)人實(shí)驗(yàn)室安裝，所有的ZENBU網(wǎng)站都不斷地與共享數(shù)據(jù)相鏈接?？梢詮囊韵戮W(wǎng)站訪問或下載該工具：http://fantom.gsc.riken.jp/zenbu/。

作者解釋道：“通過分配數(shù)據(jù)和服務(wù)器，我們鼓勵(lì)科學(xué)家們載入和共享他們已發(fā)布的數(shù)據(jù)，幫助建立一種全面性的資源，以進(jìn)一步推動(dòng)世界各地的研究工作和研究合作。”