通過比較腫瘤和正常組織，研究人員發現了一個在纖維板層肝細胞癌(fibrolamellar bepatocellular carcinoma.FLHC)中表達的嵌合轉錄物，他們將研究結果發布在本周的《科學》（Science）雜志上。

在洛克菲勒大學Sanford Simon的領導下，研究人員對來自纖維板層肝細胞癌患者的20多個原發性、復發性和轉移性腫瘤以及匹配的正常組織進行了全轉錄組和全基因組測序。在RNA測序數據中，他們發現了一種僅存在于癌組織中的嵌合轉錄物。他們報道的這一嵌合轉錄物似乎是DNAJB1基因一端與部分PRKACA基因發生框內融合（in-frame fusion）所導致。融合生成的蛋白質表達并保留了一些激酶活性。

“數據顯示在100%的檢測纖維板層肝細胞癌中存在這一DNAJB1-PRKACA嵌合轉錄物，表明這一遺傳變異促成了腫瘤發生，”Simon和同事們說。

纖維板層肝細胞癌通常發生于青少年和年輕成人的罕見肝腫瘤。這類腫瘤通常對化療反應不佳，5年總生存率為30-45%。

為了嘗試了解纖維板層肝細胞癌的分子基礎，Simon和同事們對配對的腫瘤和正常樣本進行了全基因組和全轉錄組測序。基于來自11名患者的29個原發性、復發性、轉移性腫瘤以及匹配正常組織的RNA測序結果，研究人員揭示出了一個存在于每個腫瘤樣本中的單個復發性候選嵌合轉錄物。

他們指出，這一轉錄物似乎是由于DNAJB1基因的第1外顯子和PRKACA的2-10外顯子發生框內融合所導致。DNAJB1編碼了HSP40家族的一個成員，而PRKACA則編碼了蛋白激酶A（PKA）的α催化亞基。

當與正常組織比較之時，研究人員發現9名檢測患者的腫瘤樣本中PRKACA轉錄水平增高。此外，他們指出在所有9名患者中，腫瘤樣本相比于正常組織樣本2-10外顯子表達水平增高，而并非嵌合體組成部分的第1外顯子在兩組組織中則保持一致。

有兩名患者存在另一個影響PRKACA和DNAJB1的剪接變異體。來自這些患者的樣本包含的一些讀值是從DNAJB1第2外顯子中間開始與PRKACA第2外顯子起點連接。

Simon和同事們采用RT-PCR結合Sanger測序，證實了他們見到的這一嵌合轉錄物。

他們還指出腫瘤組織似乎保留一些全長PRKACA的轉錄物，表明一些細胞仍然包含野生型PRKACA基因拷貝。

研究人員通過篩查來自配對腫瘤和正常樣本的全基因組測序數據，搜索了纖維板層肝癌基因組中的結構變異。在分析的10個樣本中有8個，研究人員揭示出了定位于PRKACA和DNAJB1上的長度超過400kb的雙端讀值。盡管精確的缺失斷點各異，每個樣本大致都是DNAJB1的第1內含子或第2外顯子缺失，并以PRKACA第1內含子結尾。

通過對來自腫瘤和正常組織的蛋白質進行western blot分析，研究人員發現這一嵌合轉錄物仍然表達。將嵌合蛋白、野生型蛋白或對照蛋白質粒轉導到人類腎細胞系中，研究人員發現具有嵌合或野生型蛋白治療的細胞相比于空對照質粒的細胞具有更高的PKA活性。這證實了這一嵌合蛋白保留了PKA活性。

他們指出：“這一嵌合體預計是將DNAJB1的J結構域與PRKACA的催化結構域合并到了一起。啟動子來自DNAJB1基因，可以解釋為何嵌合子轉錄物的表達水平高于WT PRKACA轉錄物。”

他們還預測這一嵌合蛋白質缺乏結合PKA調控子的結構域。通常PKA磷酸化大量的底物，其中一些與雌激素信號轉導、凋亡和其他信號通路相關。PKA還參與了內皮生長因子受體的信號轉導以及調控芳香酶表達，后兩者可能在纖維板層肝細胞癌中過表達。

研究人員表示目前尚沒有檢測纖維板層肝細胞癌的分子診斷方法，這一嵌合轉錄有可能成為這一疾病的標志物。他們還認為，這一嵌合物在疾病發病機制中的作用還有待闡明，其有可能促成了腫瘤形成。