多名學(xué)者推薦全基因組分析轉(zhuǎn)錄因子功能新技術(shù)
日期:2012-08-30 07:56:47
來(lái)自北卡羅來(lái)納大學(xué)教堂山分校,NIH等處的研究人員利用一種新型方法,分析了酵母轉(zhuǎn)錄因子Rap1在整個(gè)基因組中的結(jié)合動(dòng)態(tài),從而可以更好研究這一轉(zhuǎn)錄因子的功能,這一方法將有助于科學(xué)家們實(shí)時(shí)分析轉(zhuǎn)錄情況,相關(guān)成果公布在Nature雜志上。
對(duì)于這一成果,來(lái)自法國(guó)國(guó)家科學(xué)研究中心的François Parcy表示,在生物學(xué)中,了解轉(zhuǎn)錄調(diào)控的規(guī)律發(fā)展十分重要,譬如染色質(zhì)免疫共沉淀測(cè)序技術(shù)(chromatin immunoprecipitation (ChIP)-seq)或者外顯子測(cè)序技術(shù)(ChIP-exo)之類的方法,能極大的方便全基因組水平,轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的識(shí)別……
而另外來(lái)自加州大學(xué)圣地亞哥分校的Trey Ideker和Rohith Srivas則認(rèn)為,染色質(zhì)免疫共沉淀微陣列技術(shù)(chromatin immunoprecipitation on array, ChIP-chip)或者ChIP-seq都可能擴(kuò)展轉(zhuǎn)錄因子TF-DNA相互作用圖譜繪制,但是傳統(tǒng)的ChIP-seq只是檢測(cè)到一個(gè)TF的比率,無(wú)法提出關(guān)于相互作用動(dòng)力學(xué),或者相互作用強(qiáng)度的信息。
這一最新研究則研發(fā)了一種被稱為“競(jìng)爭(zhēng)ChIP”的新方法,這種方法能對(duì)DNA-蛋白相互作用的動(dòng)態(tài)作出反應(yīng),他們利用這種方法測(cè)量了酵母轉(zhuǎn)錄因子Rap1在整個(gè)基因組中的結(jié)合動(dòng)態(tài)。
研究人員發(fā)現(xiàn)了一系列不同的駐留時(shí)間,其中較慢的Rap1動(dòng)態(tài)與轉(zhuǎn)錄激發(fā)耦合在一起,較快的動(dòng)態(tài)與低表達(dá)水平耦合在一起。因此,對(duì)于傳統(tǒng)ChIP分析來(lái)說(shuō),看似相同的DNA-結(jié)合事件也可能會(huì)導(dǎo)致相反的功能后果。
之前這一研究組曾與其他研究者合作,對(duì)染色質(zhì)免疫共沉淀微陣列技術(shù)(chromatin immunoprecipitation on array, ChIP-chip)進(jìn)行了一次系統(tǒng)的分析測(cè)評(píng)。這項(xiàng)測(cè)評(píng)工作向人們提供了關(guān)于染色質(zhì)免疫共沉淀微陣列技術(shù)的權(quán)威信息,并讓研究人員深刻認(rèn)識(shí)到該項(xiàng)技術(shù)的優(yōu)勢(shì)與局限之處。
測(cè)評(píng)工作的一個(gè)核心因素是測(cè)評(píng)所采用的樣品,研究人員仔細(xì)合成了2種各包含約100個(gè)插入(spike-in)序列的基因組DNA,這些插入序列按一系列已知的摩爾比參雜于其中。各組研究人員在檢測(cè)這些樣品時(shí)并不知道這些插入序列的性質(zhì)、定量范圍甚至數(shù)目。這次系統(tǒng)分析結(jié)果表明,該微陣列方法著實(shí)可靠有效。他們認(rèn)為染色質(zhì)免疫共沉淀微陣列技術(shù)令人印象格外深刻的一點(diǎn)是它不僅能發(fā)現(xiàn)靶基因,而且還能確定它們的豐度。
“F1000(Faculty of 1000 Medicine)”又名“千名醫(yī)學(xué)家”,是由美國(guó)哈佛大學(xué)和英國(guó)劍橋大學(xué)等全世界2500名國(guó)際頂級(jí)醫(yī)學(xué)教授組成的國(guó)際權(quán)威機(jī)構(gòu)。