Blood:首次外周T細胞淋巴瘤全基因組測序
日期:2012-08-03 08:19:14
美國Mayo診所的研究人員完成了世界上首個外周T細胞淋巴瘤的全基因組測序分析,外周T細胞淋巴瘤是一種高度侵襲性的免疫系統癌癥,這項研究揭開了其背后鮮為人知的遺傳學致病因素。
Mayo診所病理學家Andrew Feldman博士在Illumina GAIIx, HiSeq測序平臺上,對外周T細胞淋巴瘤進行了全基因組測序分析,在多發性外周T細胞淋巴瘤中發現了13個基因組異常。其中的5個與重要的p53蛋白的合成及其活性有關,由于p53蛋白在細胞周期中的核心作用及其抑癌能力,它常被稱為“基因組的保衛者”。
該文章提前發表在8月1日Blood雜志的網絡版上。
“每當我診斷出一例外周T細胞淋巴瘤,我都會想到有三分之二的患者會被這一疾病擊敗,”Feldman博士說?!斑@種感覺非常糟糕,而我希望這項研究能改變這一狀況?!?/SPAN>
外周T細胞淋巴瘤PTCL是成熟T淋巴細胞惡性腫瘤,約有12%的non-Hodgkin’s淋巴瘤是外周T細胞淋巴瘤,這種疾病的而死亡率非常高。在診斷出該疾病后,只有少于35%的患者能存活超過五年。由于人們缺少對外周T細胞淋巴瘤遺傳學和分子發病機理的了解,使該疾病治療缺少分子靶標,治療效果也受到限制。
研究人員利用第二代測序技術和生物信息學工具,對16位外周T細胞淋巴瘤患者的組織樣本以及6個外周T細胞淋巴瘤細胞系進行了全基因組測序分析。研究人員發現的關鍵性外周T細胞淋巴瘤基因組異常如下:
• 發現了13個反復發生的染色體重拍
• 發現了13個重排事件中有5個涉及具有重要的抑癌功能的p53基因
• 發現了涉及TP53同源基因和TP63的新重排事件,新發現的TP63重排編碼了一個融合蛋白,一個抑制p53通路的p63異構體。這些重排事件都與患者的存活期短有關
• 發現了4個染色體內的突變,包括已知的ALK和DUSP22-IRF4異位
該研究為特定亞型的外周T細胞淋巴瘤提供了新的生物學診斷標記(機體系統中的化學或遺傳學線索),并能幫助人們開發新的治療手段。以前要取得這些進展并不容易,因為在顯微鏡下顯得很相似的淋巴瘤可能實際上大為不同,使得人們難以預測其對治療的反應。此外,科學家和醫生們對于外周T細胞淋巴瘤發育和增殖機制的了解也相當有限。
“T細胞淋巴瘤最常見的類型被稱作是‘無特殊說明’這基本就是個廢紙簍似的診斷,這是因為我們對不同T細胞淋巴瘤亞型的特異性遺傳學突變還了解的不夠,而不同的亞型需要不同的治療方式,”Dr. Feldman說。
Dr. Feldman的這項研究將有助于改善T細胞淋巴瘤的診斷,并幫助開發有針對性的治療方法。
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