對結構獨特、活性顯著的天然產物進行生物合成研究是從基因簇、生物合成途徑及酶催化反應角度理解自然界“全合成”的生物-化學過程。中國科學院上海有機化學研究所生命有機化學國家重點實驗室唐功利課題組多年來致力于復雜抗腫瘤天然產物的生物合成研究，經過幾年的努力，該課題組最近在兩個課題上均取得突破。

抗生素谷田霉素（Yatakemycin，YTM）可以抑制致病真菌，且對腫瘤細胞表現出極強的毒性（比抗腫瘤藥物絲裂霉素的活性高約1000倍）；該家族化合物屬于DNA烷基化試劑，典型的結構特征是吡咯吲哚環上的環丙烷結構。為了闡明其獨特的生物合成機制，課題組利用全基因組掃描技術定位其生物合成基因簇，通過基因敲除結合生物信息學分析確定了基因簇邊界。在對突變株的發酵檢測中成功分離鑒定了中間體YTM-T的結構，并結合體外生化實驗揭示了一類同源于糞卟啉原III-氧化酶（Coproporphyrinogen III oxidase）的甲基化酶以自由基機理催化YTM-T發生C-甲基化（J. Am. Chem. Soc., 2012, 134, 8831-8840），這是此類蛋白催化自由基甲基化反應的首例報道。這一階段性結果為下一步闡明YTM結構中最重要的環丙烷部分生物合成途徑奠定了基礎。

萘啶霉素(Naphthyridinomycin，NDM)、奎諾卡星(Quinocarcin，QNC)及Ecteinascidin 743 (ET-743)均屬于四氫異喹啉生物堿家族化合物，它們都具有顯著的抗腫瘤活性，其中ET-743已發展為第一例海洋天然產物來源的抗腫瘤新藥。這三種化合物都具有一個獨特的二碳單元結構，其生物合成來源問題一直沒有得到解決。為了揭示這一謎團，唐功利課題組在克隆了NDM和QNC生物合成基因簇的基礎上，通過前體喂養標記、體內相關基因敲除-回補以及體外酶催化反應等多種實驗手段相結合的方式，闡明了二碳單元的獨特生源合成機制：NapB/D及QncN/L在催化功能上均屬于丙酮酸脫氫酶及轉酮醇酶的復合體，它們負責催化二碳單元由酮糖轉移至酰基承載蛋白（ACP）上，而后經過非核糖體蛋白合成（NRPS）途經進入到最終的化合物中。這一結果發表在美國《國家科學院院刊》(Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2012, 109, 8540-8545)上。這種將基礎代謝中的酮糖直接轉化為次級代謝所需要的二碳單元在非核糖體肽合成途經中是首次報道，該研究結果也有助于揭示海洋藥物ET-743獨特的二碳單元生物合成來源，為非核糖體聚肽類天然產物的組合生物合成帶來新的前體單元。

上述研究工作得到國家自然科學基金委、科技部和中國科學院的資助。