當說到組學研究生命科學技術之首，新一代DNA測序當之無愧。之前摘得此桂冠的是DNA芯片技術，按道理接班人應該是蛋白芯片，但是可以說DNA芯片還發揮些作用，而蛋白芯片在早期就夭折了，這主要是由于每個DNA寡核苷酸還或多或少具有相似性，而蛋白卻是各有各的特點，而且蛋白還難以合成，純化和保持穩定性。

然而正如馬克吐溫所說的那樣（現在預言死亡還為時尚早，生物通注），現在就斷言蛋白芯片無用，還為時尚早，目前還不斷有新型芯片形式，以及芯片技術研發出來，蛋白芯片還是一個持續增長的工具產品，在生物標記篩選，互作組研究，以及功能性基因組學研究等等方面，發揮作用。

蛋白芯片101（即蛋白芯片入門）

蛋白芯片一般有兩個層面的應用，“前期階段（forward phase）”芯片（正相芯片）可以用來捕獲，無論是抗體，aptamer（指能結合蛋白或其他小分子物質的單鏈或雙鏈寡核苷酸）或者其它的蛋白都能通過載玻片或者其它相似介質上排列在固定位置，然后通過包括從蛋白消化酶，酶，到小分子，核苷酸等的探針進行篩選。

目前已經有一些商品化的產品，比如Clontech公司蛋白抗體芯片Ab Microarray 380（Antibody Array 380），就是目前最常用蛋白芯片之一，可以用于比較細胞，組織，或者血清樣品中疾病狀態蛋白的情況。

這種芯片包含由固定在玻璃片基上的300多種已知蛋白質的單克隆抗體，可以在一次簡單實驗中，同時檢測樣品中的300多種蛋白表達情況，而且在一張芯片上，可以對兩種樣品的表達模式進行比較分析，因此在毒性實驗、疾病研究和藥物開發上有廣泛的應用前景。

而來自Life Technologies公司的ProtoArray人類蛋白芯片（ProtoArray Human Protein Microarray）則是一種包含有9400種人類蛋白的先進的高內涵功能性蛋白芯片，這種芯片能進行抗體特異性圖譜分析，酶底物識別，識別蛋白與蛋白之間，蛋白與核苷酸之間，或者蛋白與其它小分子之間的相互作用，還可以測量自身免疫應答，鑒定生物標志物，藥物靶點研究等。

ProtoArray人類蛋白芯片

另外還有一種反相芯片，就是Petricoin和Liotta 在前文（Science技術文章：利用蛋白芯片分析癌癥）中使用到的，這種芯片是把樣品固定在固體支持物上，將單個可溶的探針如抗體溶液與芯片孵育，用于分析檢測在不同樣品中目的蛋白的存在與否，這種技術在蛋白芯片技術領域中還是新興技術，可用于大量組織樣品、細胞樣品或細胞樣品碎片的不同種類參數的檢測。

這個技術就像是一個非常高通量的ELISA，但其其中還包含有一種重要的優點——每個玻璃載體只需要納克級的樣品，“這可以稱為真正的納米技術”，愛丁堡大學的Neil Carragher說，他曾利用拜耳技術服務公司商業化Zeptosens平臺進行研究。Carragher認為這一平臺只需少量樣品，就能分析這些寶貴的臨床活檢樣品，樣品會被稀釋后分為200多個稀釋液，還會有樣品剩余，“我們不能用Western blot進行分析，無法定量”，他說。

Carragher利用Zeptosens平臺分析了小鼠化療的效果，在每180個不同標記中探測到30種動物樣品，拜耳Zeptosens技術總監Jens Traenkle還曾運行過更大規模的研究，比如在7個細胞系中，按照五個不同濃度，分析六種藥物，大約一共會有210種條件出現，每一種都在不同濃度中進行分析。在每種情況下，其實驗室分析了60種不同的信號標記蛋白。

總而言之，這些實驗相當于12,600次WB，而且利用這一平臺，只需要兩個星期就完成。