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RNA-Seq發(fā)現(xiàn)乳腺癌中的基因融合

日期:2012-04-25 08:41:20


Life Technologies公司近日與美國印第安納大學(xué)醫(yī)學(xué)院的研究人員合作,說明了RNA-Seq在檢測癌細(xì)胞基因融合中的作用,該項成果發(fā)表在《PLOS Computational Biology》上。

 

測序技術(shù)的進步實現(xiàn)了生物樣本中RNA轉(zhuǎn)錄本的詳細(xì)鑒定,但準(zhǔn)確地定位讀取以及從數(shù)據(jù)中發(fā)現(xiàn)生物學(xué)意義仍然是很大的挑戰(zhàn)?;蛉诤线@一類轉(zhuǎn)錄本在癌癥中特別重要。比如,95%的慢性粒細(xì)胞白血?。?/SPAN>CML)患者的白血病細(xì)胞都表達BCR-ABL基因融合,因為9號和22號染色體的長臂之間存在相互易位。BCR-ABL也在30%-50%的成人急性淋巴細(xì)胞白血病的病例中發(fā)現(xiàn)。研究發(fā)現(xiàn),融合基因通過過度激活原癌基因,失活抑癌基因,或改變其他基因的調(diào)控和/或剪接,導(dǎo)致關(guān)鍵信號通路的缺陷,從而導(dǎo)致腫瘤發(fā)生。

 

對于目前讀長較短的新一代測序而言,當(dāng)基因融合豐度較低時,發(fā)現(xiàn)難度較大。在此項研究中,研究人員利用Life TechnologiesRNA-Seq,介紹了一種能夠檢測癌細(xì)胞系中基因融合的新方法。此方法中的秘密武器是一種新算法,能發(fā)現(xiàn)融合的斷裂點。

 

文章的第一作者,Life Tech Ion生物信息學(xué)小組的資深科學(xué)家Onur Sakarya介紹,這種新算法稱為SASRSuffix Array Splice Read mapping),它能夠輕松地檢測跨越融合點的讀取。

 

研究人員利用SOLiD系統(tǒng)對乳腺癌細(xì)胞系MCF-7開展末端配對RNA-Seq研究,在超過12萬個剪接點中檢出了40個基因融合。利用TaqMan分析,他們驗證了40個融合中的36個,其中25個在MCF-7中表達,而對照的人腦中不表達。之后,他們還發(fā)現(xiàn),一個包含雌激素受體α基因ESR1的染色體內(nèi)基因融合和另一個包含RPS6KB1的融合在多個乳腺癌細(xì)胞系以及臨床腫瘤樣本中表達。

 

印第安納大學(xué)醫(yī)學(xué)院的助理教授Milan Radovich認(rèn)為:“SASR算法提供了一種無偏向的方法,來發(fā)現(xiàn)基因融合和剪接。與過去的方法相比,這種方法大大提高了融合點檢測的靈敏度和特異性,讓研究人員能從RNA測序項目中提取更多數(shù)據(jù)?!?/SPAN>

 

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