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Nature子刊:胸腺嘧啶DNA糖基化酶作用機制

日期:2012-02-15 08:42:19

來自芝加哥大學,中科院上海藥物研究所等處的研究人員發表了題為“Thymine DNA glycosylase specifically recognizes 5-carboxylcytosine-modified DNA”的文章,在之前研究基礎上,進一步探討了人類胸腺嘧啶DNA糖基化酶的結晶結構,以及分子機制,相關成果公布在Nature Chemical Biology雜志上。

 

文章的通訊作者是芝加哥大學的華裔科學家何川教授,其早年畢業于中國科學技術大學,之后獲得麻省理工博士學位,現任芝加哥大學化學系教授,北京大學化學與分子工程學院長江學者講座教授。參與這項研究的還包括上海藥物研究所蔣華良研究員等。

 

在高等生物中比較普遍的DNA修飾方式主要是胞嘧啶甲基化,生成5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine5mC),這一過程可以通過Tet家族雙加氧酶(dioxygenases),轉化成另外一種修飾形式:5-羥甲基胞嘧啶(5-hydroxymethylcytosine5hmC)。這些表觀遺傳學修飾也被稱為DNA的第5種,和第6中堿基。

 

去年芝加哥大學與中科院研究人員合作,發現了Tet雙加氧酶可以將5mC5hmC氧化成5-胞嘧啶羧基(5-carboxylcytosine5caC),之后5caC會被胸腺嘧啶DNA糖基化酶(thymine DNA glycosylaseTDG)識別,并消化。但是TDG具體的作用機制,研究人員還不是很清楚。

 

在這篇文章中,研究人員解析了人類胸腺嘧啶DNA糖基化酶(hTDG),通過獲取包含有5caC,或者模擬基團的雙鏈DNA復合物中hTDG催化位點的結晶結構,進一步分析了這一關鍵酶的作用機制。

 

研究人員還結合生化實驗和生物信息學分析方法,發現5caC能被hTDG活性位點特異性識別,這證實了TDG在哺乳動物5mC去甲基化過程中扮演的重要角色。

 

DNA修飾與許多重要的生物過程,如胚胎發育和細胞周期調控都息息相關,而多個癌癥也表現出異常的DNA修飾模式。一直以來科學家們對于DNA修飾中的一個重要環節——5-甲基胞嘧啶如何去甲基化的過程不清楚,而去年發表的Science文章解答了這一迷題:研究人員證明了Tet在體內和體外實驗中都能將5mC5hmC氧化成5-胞嘧啶羧基(5-carboxylcytosine5caC),并且進一步TDG敲除實驗也說明5caC的積累,這些研究數據都表明5mC轉變成5caC,繼而被消化的過程是DNA去甲基化的一條重要途徑。

 

除此之外去年北卡羅來納州大學的研究人員還發現了兩種新型的DNA堿基:5fC5-胞嘧啶甲酰)和5caC5-胞嘧啶羧基)。這是新發現的第78DNA堿基,改寫原有教科書理論,具體見:華裔學者Science發里程碑成果:第78DNA堿基

 


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