在高通量篩選研究的世界里，效率說明了一切：能檢測多少種化合物，成本是多少，材料最少要多少？在這一環境下，無細胞，或者以細胞為基礎的微孔板分析技術，比如ELISA和細胞成像，都已經與高通量分析結合，實現了更加便宜，低量，更多自動化的操作。

但是還有一項技術沒有實現高通量篩選，那就是流式細胞分析。流式細胞技術是一種利用熒光標記在不同頻率下通過單一或多種激光束時會發光的特性，對細胞進行有效分析的方法。這種方法不僅成為學術研究的重要工具，而且在臨床方面正在得到越來越廣泛的應用。

流式細胞技術一般來說，長于含量分析——每個細胞的數據點數量，而短于高通量操作——一天內完成樣品分析的數量，不過這種現狀正在改善，目前市面上已經出現了能進行高通量篩選的流式細胞儀，正如普渡大學流式分析實驗室主任J. Paul Robinson所說的那樣，作為篩選平臺，流式細胞儀“正逐漸獲得值得信任的口碑。”

比如流式細胞儀“鼻祖級”的生成廠家BD推出的FACSArray生物分析儀。這一儀器光學系統配置了532nm綠色激光器和635nm紅色激光器，可以檢測2個散色光信號和4個熒光參數。由于整合了96孔板上樣技術和數字化電子系統，使得樣本采集的速度達到15000個/秒，尤其適用于高通量篩選，比如快速的、高通量的CBA檢測和細胞分析。

這一儀器由檢測分析儀、電腦工作站、系統軟件和CBA軟件組成，具有自動化程度高，速度快，靈敏度高等特點，其速度可將處理一塊96孔板所需時間減少至35分鐘，而且其靈敏度和動力學范圍保證了2.5um-50um的微球檢測，散射光信號可以清晰分辨淋巴細胞、單核細胞和中性粒細胞。

除此之外，FACSArray生物分析儀不僅可以應用于傳統的流式細胞分析領域，而且還可以和BD公司開發的CBA技術（Cytometric BeadArray）結合，用于多重蛋白檢測，為高通量流式分析創造了一個新的標準平臺。