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基因表達(dá)分析新技術(shù)(四)

日期:2011-11-15 08:59:19

科學(xué)家們?yōu)榱四苌钊肓私馓禺愋曰虮磉_(dá),發(fā)展了許多實(shí)驗(yàn)技術(shù),比如芯片技術(shù),PCR,高通量測(cè)序等,但是要想得到精確的結(jié)果,仍然依賴于實(shí)驗(yàn)操作人員對(duì)于技術(shù)掌握的熟練程度。而且隨著基因表達(dá)研究越來越多,為了確保公布的結(jié)果的精確性,對(duì)于相關(guān)分析也越來越嚴(yán)格。不過所幸目前也有了更多基因表達(dá)分析相關(guān)的產(chǎn)品,這些產(chǎn)品帶來的新技術(shù)也許能幫助我們解決難題。

 

非編碼RNA分析

 

近年來非編碼RNAs,microRNAs成為了研究熱點(diǎn),不少研究成果表明miRNAs在基因表達(dá)分析中扮演了重要角色,這些小分子片段經(jīng)過蛋白行使功能,它們直接與mRNA相互作用,抑制翻譯?,F(xiàn)代生命科學(xué)表明,僅通過分析轉(zhuǎn)錄,基因表達(dá),并不能告訴我們所有的事情。

 

著名的Life Technologies公司今年推出了一款新型的microRNA分析平臺(tái):TaqMan OpenArray MicroRNA Panels,這一平臺(tái)能對(duì)每一樣本檢測(cè)數(shù)百種microRNA,分析樣品覆蓋700多個(gè)條人類和嚙齒類動(dòng)物(小鼠和大鼠),而且這一分析平臺(tái)需要的樣品少——只需低至100毫微克的總RNA,分析速度快——8小時(shí)工作日內(nèi)可以處理36個(gè)樣本(33nl的反應(yīng)體系,每個(gè)Panel可以處理3個(gè)樣本),因此是一種適合中高通量microRNA研究的選擇。

 

除此之外,上文提及的nCounter miRNA表達(dá)系統(tǒng)也可以用于非編碼RNA的分析,這一系統(tǒng)包括人類,小鼠和大鼠的miRNAs分析平臺(tái),可以在同一試管中定量分析mRNAsmiRNAs

 

基因表達(dá)數(shù)據(jù)處理

 

基因表達(dá)實(shí)驗(yàn)分析中產(chǎn)生的數(shù)據(jù)越來越多,要分析這龐大的數(shù)據(jù)群無疑是一個(gè)挑戰(zhàn),而且除了數(shù)據(jù)數(shù)量以外,從中整理出相關(guān)數(shù)據(jù)也令人頭疼,比如研究人員也許希望同時(shí)分析幾個(gè)相關(guān)因素?cái)?shù)據(jù),或者排除地點(diǎn),和時(shí)間的影響來分析樣品數(shù)據(jù),而且研究人員還常常需要分析不同平臺(tái)獲得基因表達(dá)數(shù)據(jù)之間的相關(guān)性。

 

來自全球最大的統(tǒng)計(jì)學(xué)軟件公司推出的JMP Genomics軟件是JMP家族的一員,JMP統(tǒng)計(jì)軟件能幫助研究人員將生命科學(xué)數(shù)據(jù)完全可視化,促進(jìn)高效、互動(dòng)的數(shù)據(jù)探索和分析。這一軟件系統(tǒng)可以應(yīng)用到從實(shí)驗(yàn)室工作臺(tái)到病床的全過程中,優(yōu)化研究和開發(fā)周期,還可以分析藥物從臨床前到后期市場(chǎng)營(yíng)銷的的整個(gè)生命周期表現(xiàn)。

 

JMP Genomics應(yīng)用廣泛,可以連續(xù)分析伴隨有海量數(shù)據(jù)的芯片實(shí)驗(yàn),以及高通量測(cè)序研究中產(chǎn)生的數(shù)據(jù)組,SASJMP生命科學(xué)產(chǎn)品部經(jīng)理Shannon Conners表示SAS將這些分析工具歸于特殊數(shù)據(jù)類型,“比如像是RNA測(cè)序分析之類的數(shù)據(jù)分析,都有簡(jiǎn)化的流程”,新出品的JMP Genomics5.1將帶來更多的方便。

 

另外作為測(cè)序領(lǐng)域的領(lǐng)先科技公司,Illumina也有針對(duì)基因表達(dá)分析的相關(guān)軟件,其GenomeStudio數(shù)據(jù)分析軟件可以用來查看和分析基因表達(dá)產(chǎn)生的數(shù)據(jù),GenomeStudio軟件中性能優(yōu)化的工具和用戶友好的圖形化界面讓研究人員能夠快速輕松地將數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化成有意義的結(jié)果。

 

這些分析工具顯示了基因表達(dá)分析與其它方法結(jié)合的進(jìn)步,這些技術(shù)的結(jié)合將有助于基因表達(dá)分析越來越快,也越來越簡(jiǎn)單。


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