全球每年新增癌癥患者達700萬人，死于癌癥的病人達500萬人，60％的患者確診后只能存活5年。目前已知的癌癥有200多種，但是，無論什么癌癥，在腫瘤的特殊類別（分型）或發展的不同分期方面都發現有基因組的特異變化，而正是基因組的改變導致了細胞分化、發育和生長通路的不正常，從而引發細胞不正常地失控增殖、生長。

1986年 ,著名的腫瘤學家、諾貝爾獎獲得者Delbecco鑒于當時腫瘤研究的“零敲碎打”狀況，提出了一個驚人的動議：欲解決腫瘤問題 ,應先搞清基因組。近年來利用高通量的測序技術以及功能基因手段開展癌癥基因組學研究為科學家們尋找有效的癌癥治療靶點，制定個體化的治療策略提供了重要的研究數據。近日來自美國的兩個研究團體在癌癥基因組學研究中取得了突破性的成果，相關研究論文均發表在國際頂級學術期刊《自然》（Nature）雜志上。

Functional genomics reveal that the serine synthesis pathway is essential in breast cancer

乳腺癌是女性最常見的惡性腫瘤之一，這種疾病通常發生在乳房腺上皮組織，發病率占各種惡性腫瘤的7-10%，是一種嚴重影響婦女身心健康甚至危及生命的最常見惡性腫瘤之一。

在這篇文章中，研究人員巧妙地將癌癥基因組學技術與RNA干擾技術相結合，在乳腺癌小鼠模型中高通量篩查了2725個代謝酶和運輸子基因，從中發現了198個與侵襲性乳腺癌相關的基因，其中包括一個被稱為磷酸甘油酸脫氫酶（PHGDH）的基因。研究人員發現PHGDH存在于“染色體1p”的一個區域，該區域在約70%的雌激素受體（ER）陰性乳腺癌中經常被放大，導致PHGDH過度表達。PHGDH的水平升高引起通過絲氨酸合成通道的代謝流量增加，這反過來又會對谷氨酸鹽通過三羧酸循環向-酮戊二酸鹽的流入做出顯著貢獻。當研究人員在這些乳腺癌細胞中抑制PHGDH基因表達，發現細胞增殖受到抑制，絲氨酸合成下降。進一步的分析證實PHGDH抑制并不會影響細胞內絲氨酸水平，而主要是導致三羧酸循環向-酮戊二酸鹽的流入的降低。

這些研究結果表明，以PHGDH為具體目標、或以絲氨酸合成通道為普遍目標，對于PHGDH 有較高表達的乳腺癌子類來說也許有治療價值。

Integrated genomic analyses of ovarian carcinoma

在近期的Nature雜志上，TCGA計劃研究組成員報告了一項卵巢癌的最新研究成果：漿液性卵巢囊腺癌（serous ovarian  adenocarcinoma）中的mRNA和miRNA序列分析，啟動子甲基化，DNA拷貝數，以及316個樣品中編碼基因外顯子組的序列分析等。

這是癌癥基因組研究的又一重要成果，卵巢癌是女性生殖器官常見的腫瘤之一，發病率僅次于子宮頸癌和子宮體癌而列居第三位。但卵巢癌致死者，卻占各類婦科腫瘤的首位，對女性生命造成嚴重威脅。據統計，全球每年新增大約20萬卵巢癌患者，并有11.5萬患者死亡。漿液性囊腺瘤占卵巢良性腫瘤的25%，也是卵巢惡性腫瘤中最常見者，約占40—50%，對于這種疾病的深入研究有助于預防與治療漿液性囊腺瘤。

在這篇文章中，研究人員分析了489個高度病變漿液性卵巢囊腺癌樣品中mRNA和miRNA的表達，啟動子甲基化，DNA拷貝數，以及316個樣品中編碼基因外顯子組的序列，這些研究結果有助于確定新的腫瘤亞型。

研究人員還發現雖然p53腫瘤抑制因子在幾乎所有腫瘤中都發生了突變，但包括NF1、BRCA1、BRCA2、 RB1和 CDK12在內的9個位點也攜帶復發性的、盡管流行度較低的突變。同源重組在約一半的這些腫瘤中是有缺陷的，Notch和FOXM1信號作用也牽涉到了病理生理過程中。這些研究成果將有助于卵巢癌的基礎病理，以及臨床預防和治療。