2007年Science雜志就曾預測，人體微生物的研究可能成為國際科學家們的新熱點課題，時間過去四年，這一預測就得到證實，隨著MetaHIT（人類腸道宏基因組計劃）計劃的開展，腸道微生物與代謝疾病的研究步伐的加速，腸道微生物研究受到空前的重視。近期來自德國，比利時，法國，中國等多處學者組成的研究組在Nature雜志上發表了這一領域的最新研究成果。

這項研究通過解析歐洲四國（丹麥、法國、意大利和西班牙）的22名個體的糞便DNA樣品序列，將這些樣品的微生物組與之前的研究結果進行了比對。之后研究人員又將研究延伸到丹麥的95名個體和美國的154名個體。結果發現，根據腸道中大量出現的細菌種類，所有數據可分成三類，也就是說，每個人都屬于這三種腸道類型中的一種。

目前雖然研究人員還不清楚為什么不同人會有不同的腸道類型，但是他們認為這種差異可能在于人的免疫系統如何區分好細菌和壞細菌，或者與細胞釋放廢物的不同方式有關。

研究人員還發現老年人的腸道似乎有著更多分解碳水化合物的微生物基因，這可能是因為，當年齡越來越大時，我們處理營養物質可能沒那么高效，因此為了生存，細菌必須承擔起這項任務。除此之外研究人員還發現了一些與年齡、體重等性狀相關的細菌基因，這也可能成為肥胖或疾病的標志物，這可能對診斷和預后有意義。

MetaHIT計劃是由歐盟第七框架計劃資助的子項目之一。該項目的合作伙伴包括了來自中國、美國、丹麥、法國、日本、西班牙、英國、芬蘭8個國家學術界和工業界的13個成員。值得關注的是深圳華大基因研究院前承擔MetaHIT計劃中的200多個歐洲人腸道微生物樣品的測序及后續生物信息分析工作——2010年MetaHIT國際會議就是由華大基因主辦。

這項計劃的目的是研究人類腸道中的所有微生物群落，進而了解人腸道中細菌的物種分布，最終為后續研究腸道微生物與人的肥胖、腸炎、糖尿病等疾病的關系提供非常重要的理論依據，達到預防和監控的目的。MetaHIT計劃將極大地推動宏基因組學研究的快速發展，使得大規模的宏基因組學研究相繼展開，大量新的微生物種群和新的基因將得以發現，對人類健康將有積極的現實意義。

預計人類腸道內包括大約1000種細菌。在2010年，這一項目研究組收集了124個來自于歐洲人腸道菌群的樣本，采用了新一代大規模高通量的測序技術進行深度測序，產出近6千億的堿基序列。經過序列組裝和基因注釋分析，從中獲得330萬個非冗余的人體腸道元基因組的參考基因，約是人自身基因的150倍。這個基因集中包含了絕大部分目前已知的人體腸道微生物基因，但更多的是目前未知微生物的基因。從這個基因集中可以估計人腸道中存在約1000到1150種細菌，平均每個體內約含有160種優勢菌種，并且這些細菌是絕大部分個體所共有的。

國際人類微生物組協會計劃對1000種微生物進行測序。這個計劃看似野心勃勃，但卻可能依然無法獲得所有與人類健康相關微生物的基因多樣性。基因組完整性的最終檢驗標準是隨機的宏基因測序結果是否能準確地靶向某種細菌。不過隨著更多腸道細菌株的測序完成，研究人員未來將可以更準確地判斷不同因素對腸道微生物的構成造成了何種影響，繼而可判斷與疾病和健康的關系。