專家解析結合RNAi與測序技術研究癌癥
日期:2011-01-21 09:50:56
來自美國國家衛生研究所下屬美國國立癌癥研究所的Louis M. Staudt教授是一位從事癌癥研究多年的科學家,其研究組曾發現了6種能預測淋巴瘤生存期的基因,還弄清楚了骨髓瘤中到底是什么控制骨髓瘤細胞的活性和擴散。這些研究對于癌癥的治療與預防具有重要意義。
之前的研究通過分析人類淋巴瘤免疫球蛋白基因以及基因工程小鼠模型,了解了B細胞抗原受體(BCR)信號在淋巴瘤形成過程中的作用,但是科學家們還沒有找到這一受體如何導致人類淋巴瘤形成的遺傳與功能性證據。
在這篇文章中,研究人員發現了一種“慢運動”BCR信號,這種信號對于維持彌漫大B細胞淋巴瘤(DLBCL)ABC亞型中細胞的存活具有重要作用。研究人員認為這種“慢運動”BCR信號是ABC型彌漫大B細胞淋巴瘤的一種新發病機制,因此可以作為治療這一疾病的一種新策略和靶標。
彌漫大B細胞淋巴瘤是成人非霍奇淋巴瘤中最常見的一種類型,大約占30-40%,多見于中老年人,中國40-50歲居多。在歐美國家,DLBCL 的發病率約占非霍奇金淋巴瘤(NHL)的 31%。中央電視臺著名播音員羅京就是因為這一疾病而離世的。
在這一研究工作中,研究人員不僅采用了RNAi干擾技術,還通過Illumina的GAII測序儀進行分析,這兩種方法的結合有助于研究工作的順利進行。
Illumina的GAII測序技術能夠在單核苷酸水平對任意物種的整體轉錄活動進行檢測,在分析轉錄本的結構和表達水平的同時,還能發現未知轉錄本和稀有轉錄本,精確地識別可變剪切位點以及cSNP(編碼序列單核苷酸多態性),提供全面的轉錄組信息。并且這一方法相對于傳統的芯片雜交平臺,RNA測序無需預先針對已知序列設計探針,即可對任意物種的整體轉錄活動進行檢測,提供更精確的數字化信號,更高的檢測通量以及更廣泛的檢測范圍。
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