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鯉科魚類散在重復(fù)序列研究

日期:2010-05-12 17:01:10

4月29日,BMC  Evolutionary  Biology發(fā)表了研究論文報道了鯉科魚類散在重復(fù)序列研究取得的新進(jìn)展。該文章是由中國科學(xué)院水生生物研究所魚類系統(tǒng)學(xué)與生物地理學(xué)學(xué)科組博士研究生童超波等人在何舜平研究員的指導(dǎo)下完成的。

童超波等之前在BMC  Genomics  (Tong  et  al.,2009)  發(fā)表的論文中,報道了一種將磁珠分選系統(tǒng)應(yīng)用于散在重復(fù)序列的分離的方法,在鰱和鳙中分離了一個年輕的SINE家族(HAmoSINE)及其反轉(zhuǎn)座所依附的LINE家族(HAmoLINE2),發(fā)現(xiàn)該SINE家族借助于其基因組內(nèi)HAmo  LINE2編碼的反轉(zhuǎn)座酶系統(tǒng)實現(xiàn)自身近期的不斷增殖。

本篇論文承接之前的研究,進(jìn)一步研究HAmoSINE和HAmoLINE在整個鯉科魚類12個亞科的17個代表物種基因組中的進(jìn)化模式。基于磁珠分選技術(shù)大規(guī)模捕獲鯉科魚類17個代表物種基因組中的散在重復(fù)序列,根據(jù)特征性的診斷性核苷酸的存在,發(fā)現(xiàn)四個HAmoSINE源基因(亞家族)活躍增殖于整個鯉科魚類或特定譜系中,HAmoSINE在這些魚類中的拷貝數(shù)從104到106不等。探討了這些亞家族在斑馬魚基因組中的情況及其物種分布情況。該論文的結(jié)果表明,HAmoSINE在整個鯉科魚類中通過反轉(zhuǎn)座寄生于HAmoLINE得到了大規(guī)模的擴(kuò)張。

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