讓RNA病毒無法肆虐,韓科學家建立PCR引物數據庫
日期:2016-12-30 08:56:39
韓國大邱慶北科學技術學院(DGIST)的研究人員建立了一個全面的遺傳信息公共數據庫(MTPrimerV),可用于RNA病毒的檢測和鑒定。在面對未來的公共衛生事件時,這個數據庫將是很有價值的工具。
RNA病毒可能引起許多傳染性的疾病,包括流行性感冒、脊髓灰質炎和麻疹。近年來,許多新的致命疾病都由RNA病毒引起,最為人所熟知的是急性呼吸綜合征(SARS)和中東呼吸綜合征(MERS),兩者都造成嚴重的健康和經濟影響。
2002年,中國南部爆發了嚴重的SARS疫情。最終,SARS病毒造成37個國家的774人死亡。去年,MERS病毒在韓國肆虐,造成旅游業收入銳減40%,對國民經濟造成不利影響。
在這兩種情況下,疾病的快速傳播是由于病毒無法得到快速可靠的診斷。在疫情爆發時,準確的病原體檢測和鑒定是必須的,有助于了解和控制疾病,從而盡量減少它對公共衛生的影響。
因成本低、靈敏度和特異性高,PCR技術被廣泛用于病毒鑒定。在PCR鑒定中,引物設計是相當重要的一環。然而,現在只有極少的在線數據庫提供了RNA病毒的高質量引物,而且對應用方面也有某些限制。
為了滿足這種需求,大邱慶北科學技術學院的Min-Soo Kim和JaeHyung Koo建立了一個全面的PCR引物數據庫,以便更快速、更高效地檢測和鑒定RNA病毒。他們在《Nucleic Acids Research》上介紹了這一成果。
這個名為MTPrimerV的數據庫包含了152,380,247對PCR引物,可檢測1818種病毒,覆蓋7144個基因編碼序列或CDS,這些序列是編碼蛋白質的DNA或RNA中的一部分。
據介紹,這些引物能夠檢測NCBI RefSeq數據庫中包含的100%的RNA病毒。此外,MTPrimerV中的每對引物都經過了人和病毒序列的嚴格相似性檢驗,確保引物是高度特異性的。同時,MTPrimerV對最佳引物進行排序,這樣用戶在單重PCR時只需挑選第一對引物,在雙重PCR時挑選前兩對引物即可。
“我們相信,MRPrimerV的開放將促進病毒的宏基因組學研究,了解病毒的變異等等,并促進人們在未來更高效地應對流行病,”研究人員總結道。