CLINVAR:疾病相關的遺傳突變
日期:2016-07-27 08:59:53
去年秋天,千人基因組計劃(1000 Genomes Project)揭示了人類基因組中8800萬個突變,但科學家們并不清楚其中大部分突變對于人體健康的意義。而且遺傳變異與疾病之間的已知關聯(lián),其實很多也并不明確。科學家們如何能準確確定哪些基因或遺傳變異是真正有害的呢?
ClinVar 是一個公開的數(shù)據庫,其中收集了與疾病相關的遺傳變異。這一數(shù)據庫由美國國立衛(wèi)生研究院2013年為了生物技術信息開發(fā)而構建,來自美國聯(lián)盟醫(yī)療體系(Partners Healthcare )的臨床遺傳學家Heidi Rehm表示,到目前為止,已經從研究人員和其它數(shù)據庫中獲得了包含超過125,000份獨特突變的臨床注釋。
ClinVar 將基因突變對健康影響的多方面性質都考慮在內了,比如對于一個突變,這個研究組說它是良性,但另外一個研究組又認為它其實性質更加嚴重。而且 ClinVar 也有自己的分類,“可能致病性(likely pathogenic)”就是一種更清楚的定義和標準化。
工作機理:
ClinVar 采用的是星標系統(tǒng)(star-based system,生物通譯),可以評估某個特定突變在疾病中的本來或者注釋作用。四星級是最高級,也就是說這個突變的功能已經經過了多位專家的測評。這樣詳細審查過程的好處在于用戶能信任三、四星突變的功能注釋,Rhem說,但是在ClinVar 數(shù)據庫中只有少量此類數(shù)據(3,800個)。
更多時候是只有一星的突變,這通常只基于單個提出注釋功能的研究成果,還有沒有星的,也就是提交者沒有提供解釋標準和支持證據。ClinVar 工具的一個問題在于其數(shù)據庫中大多數(shù)臨床上重要的突變(83%)都是某個家庭中獨一無二的,或者非常罕見的。
2015年NEJM發(fā)表文章
如何入手:
充分了解ClinVar,可以參閱近期的一份詳細用戶手冊(Curr Protoc Hum Genet, doi:10.1002/0471142905.hg0816s89, 2016),此外還有YouTube上的一個視頻video 也解釋了不同的搜索項。由于這一工具依賴于提交數(shù)據,因此Rehm也鼓勵實驗室共享數(shù)據,提交數(shù)據向導可以在 ClinVar 網站上找到。
注意事項:
雖然 ClinVar希望能滿足你的所有需求,但實際上并沒有那么完美,這主要是因為數(shù)據庫依賴于自愿提交的材料。“我們嘗試說服所有的雜志將ClinVar 作為出版資料的一部分,”Rehm說,目前他們正在朝著這個方向來努力。
同時,他們也在通過多個來源分析患者遺傳數(shù)據中候選突變的臨床意義,包括人類基因突變數(shù)據庫 (Human Genetic Mutation Database,HGMD)——收集已發(fā)表文獻中的突變,雖然HGMD管理不佳,“但至少它能找出你的突變也許會出現(xiàn)在哪里,”Rehm也在努力挖掘疾病特異性數(shù)據庫,尋找特殊突變。