在线日韩日本国产亚洲丨少妇伦子伦情品无吗丨欧美性猛交xxxx免费看蜜桃丨精品人妻系列无码一区二区三区丨亚洲精品无码不卡在线播放

Your Good Partner in Biology Research

CiDD:尋找癌基因表達(dá)的波動

日期:2016-06-30 09:23:54

 此前一些突變致癌基因功能的研究獲得了治療上的重要進(jìn)展,但是,一些研究人員開始擔(dān)心目前摘取的都是低處的果實(shí),找到的是可以作為癌癥藥物靶標(biāo)的個體突變基因,要想進(jìn)一步尋找相關(guān)的新靶標(biāo)也許會很難。

 

為了解決這一問題,研究人員開始利用一些新的運(yùn)算方法和系統(tǒng)生物學(xué)方法分析大量數(shù)據(jù),了解是什么令癌細(xì)胞發(fā)生了改變。同時不再單純找尋改變特異性蛋白的突變,而是轉(zhuǎn)為思考多種基因表達(dá)的變化,如何會促進(jìn)或者引發(fā)癌癥的發(fā)生。以下四位專家為我們提供了他們尋找癌癥新靶標(biāo)的idea

 

表達(dá)調(diào)整

 

研究者:德州大學(xué)MD 安德森癌癥中心腫瘤學(xué)家Eduardo Vilar-Sanchez與統(tǒng)計遺傳學(xué)家Paul Scheet

研究策略:通過癌細(xì)胞中上調(diào)或下調(diào)的基因表達(dá)識別基因或者基因簇

工具:Cancer in silico Drug Discovery (CiDD)

作用機(jī)理:

Vilar-SanchezScheet等人創(chuàng)建了CiDD,為的是尋找腫瘤亞型中的基因表達(dá)標(biāo)簽,并將這些基因表達(dá)變化與藥物聯(lián)系在一起,從而找到能逆轉(zhuǎn)表達(dá)變化的藥物。

 

最開始研究人員發(fā)現(xiàn)許多公共開放的數(shù)據(jù)庫并未發(fā)揮其最大的潛力,因?yàn)橐蠑?shù)據(jù)存在困難,這給了他們靈感,由此Vilar-Sanchez等人創(chuàng)建了CiDD,這個工具不僅能將癌癥特異性序列,與NIH的癌癥基因組圖集中的基因表達(dá)數(shù)據(jù)聯(lián)系在一起,還能在基因表達(dá)變化和Broad研究院的 Connectivity圖譜(CMap)藥物數(shù)據(jù)之間搭建關(guān)聯(lián),此外,Broad研究院與諾華公司的一項重要項目:Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE)內(nèi)的數(shù)據(jù)可以關(guān)聯(lián)起來。

 

“云端有這三種重要的資源設(shè)置……CiDD就是將其整合在一個框架中,讓其相互可以聯(lián)系起來,”Scheet說。

 

當(dāng)研究人員將感興趣的特定突變輸入到 CiDD 之后,程序首先通過 TCGA 數(shù)據(jù)進(jìn)行篩選,下載相同突變樣品中的基因表達(dá)標(biāo)簽,然后尋找突變相似誘導(dǎo)的模式。

 

接下來,CiDD運(yùn)算方法利用CMap將這種基因表達(dá)模式與誘導(dǎo)具有相反基因表達(dá)標(biāo)簽的藥物聯(lián)系在一起,一旦CiDD發(fā)現(xiàn)可逆轉(zhuǎn)癌癥相關(guān)基因表達(dá)的潛在藥物,那么就會搜索CCLE,確定合適用于實(shí)驗(yàn)的細(xì)胞系。

 

“這樣就能在沒有完成任何實(shí)驗(yàn)之前確定候選藥物,”Scheet Vilar-Sanchez實(shí)驗(yàn)室之前的研究生Anthony San Lucas說,他目前是MD癌癥中心的一名博士后。這對于沒有能力完成高通量藥物篩選的小型實(shí)驗(yàn)室來說,無疑是一個福音。

 

逆轉(zhuǎn)整個錯誤調(diào)控基因表達(dá)的藥物肯定要比直接靶向單一突變的藥物,耐藥性更少,“這不僅僅依賴于一種基因,”Vilar-Sanchez說,CiDD能全面考慮發(fā)生在同一時間里的許多基因表達(dá)事件。

 

此前研究人員通過BRAF這一結(jié)直腸癌相關(guān)突變驗(yàn)證了CiDD,這個基因編碼調(diào)控細(xì)胞生長,結(jié)果系統(tǒng)發(fā)現(xiàn)了EGFR抑制劑和蛋白酶體抑制劑,這是兩類被認(rèn)為可能可以用于治療BRAF的藥物。

 

目前Vilar-Sanchez正在利用 CiDD 預(yù)防結(jié)腸癌,他并沒有在TCGA中尋找已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了的基因表達(dá)模式,而是輸入了來自常常發(fā)展成惡性腫瘤的癌息肉基因表達(dá)數(shù)據(jù),從中他找到了也許能逆轉(zhuǎn)息肉的藥物,目前正在上動物模型。

 

特別關(guān)注

主站蜘蛛池模板: 樱花影院电视剧免费| 欧美大胆少妇bbw| 国产欧美精品aaaaaa片| 精品国产杨幂在线观看| 亚洲精品国产一区二区在线观看 | 五月婷婷俺也去开心| 亚洲国产精品不卡av在线| 国产在线观看高清视频黄网| 中国老熟女重囗味hdxx| 国产乱xxxxx97国语对白| 久久伊人五月丁香狠狠色| 国产人妻高清国产拍精品| 狼友网精品视频在线观看| 国产交换配乱婬视频| 日韩综合无码一区二区| 欧美人与动交视频在线观看| 国产放荡对白视频在线观看| 国产精品av在线| 午夜福利国产成人无码gif动图| 婷婷俺也去俺也去官网| 国产jk白丝在线观看免费| 小妖精又紧又湿高潮h视频69| 国产欧美日韩综合视频专区| 综合精品欧美日韩国产在线| 日韩av片无码一区二区不卡电影| 麻豆精产国品| 久久精品国产首页027007| 西西人体www44rt大胆高清| 国产精品 视频一区 二区三区 | 国产又粗又硬又大爽黄老大爷视频| 人人妻人人添人人爽欧美一区| 久久中文字幕无码中文字幕有码| av在线 亚洲 天堂| 亚洲午夜av久久久精品影院| 国产成人一区二区精品视频 | 成人电线在线播放无码| 最近更新中文字幕免费大全| 色一情一乱一伦一区二区三区日本 | 国精品99久9在线 | 免费| 九九精品99久久久香蕉| 国产三级久久久精品麻豆三级 |