由來自德國、奧地利和美國的研究人員組成的一個研究小組發現，采用一種允許在感染過程中同時研究細菌與宿主小RNA的新技術，可以揭示出兩者轉錄譜的改變。

在發表于《自然》（Nature）雜志上的研究論文中，這一研究小組描繪了他們的技術，為什么這一技術對于更多地了解細菌感染機制非常有用，以及在研究中獲得重要發現。

Eunice Kennedy Shriver國家兒童健康與人類發育研究所的Matthias Machner和Gisela Storz，在同一期的Nature雜志上發表了一篇“新聞與觀點”(News and Views)文章介紹這項研究工作。

Machner和Stortz指出，以往大多數的研究想更好地了解細菌感染宿主時發生的事件，都是將焦點放在細菌或是宿主的信使RNA上。在這項新研究中，研究人員采用了一種技術使得能夠同時聚焦兩者，從而能夠獲得感染初期階段和后期階段發生事件更完整的圖像。

這一稱作為雙RNA測序（dual RNA-seq）的方法，使得研究人員能夠同時研究宿主轉錄物和病原體信使RNAs——在這里，他們研究的對象是感染一種人類細胞系的沙門氏菌。更特別地是，他們將焦點放在了一種叫做PinT的小RNA上，眾所周知在細菌開始感染宿主細胞時PinT會激活。更細致的觀察揭示出它還調控了腸道沙門氏菌的一些基因，并有一些跡象表明它影響了宿主轉錄模式，轉而導致了一些長鏈非編碼RNAs發生改變及激活了宿主細胞中其他一些信號通路。

研究人員解釋說，這種雙RNA測序方法對細菌進行了綠色熒光標記，使得在宿主細胞受到感染時能夠鑒別出細胞的一些部位。這一技術允許隨著感染病程的發展研究來自兩種生物的信使RNA和非編碼RNAs轉錄物，以前所未有的角度觀測了這一過程。這一研究小組還記錄了他們的研究闡明感染過程中的小變化如何傳遍整個宿主系統，導致了感染宿主不同結局的過程。

轉錄組是特定細胞或組織在特定時間或狀態下轉錄出來的所有RNA的集合。通過對轉錄組的研究可以揭示生物體的基因表達，研究結構變異及發現新基因。RNA測序作為一種新的轉錄組研究手段，利用新一代測序技術能夠更快速、準確地為人們提供更多的生物體轉錄信息。近年來，這一方法在生物科學和醫學研究中非常流行，并正在逐漸走向臨床應用。

前不久，中科院上海生科院神經所的張旭研究員在十二月二十二日的Cell Research雜志上發表了新成果。他領導研究團隊根據單細胞RNA測序和功能異質性鑒定了軀體感覺神經元的類型。

由約翰霍普金斯大小華人科學家宋紅軍領導一個科學家小組報告稱，他們結合單細胞RNA測序和自身開發出的生物信息學流程Waterfall，揭示出了成體神經發生的分子級聯反應。這項重要的研究發布在2015年8月20日的《細胞干細胞》（Cell Stem Cell）雜志上。

來自同濟大學醫學院、加州大學洛杉磯分校、南昌大學等處的研究人員報告稱，他們利用單細胞RNA測序技術，同時運用加權基因共表達網絡分析(WGCNA)，揭示出了激活休眠神經干細胞的信號。這一重要的研究結果發布在2015年的5月21日的《細胞》（Cell）雜志上。