DNA甲基化是基因活性的一種關鍵調節器，在癌細胞中，錯誤的甲基化修飾會導致腫瘤的過度生長與功能障礙。而且抑癌基因位點上也常常會甲基化增多，導致抑癌基因功能活性關閉，而基因組其它部位則會出現甲基化減少，這也許是為了能釋放更多的空間。

“沒有人明白是什么驅動了癌細胞過度甲基化，”來自俄亥俄州凱斯西儲大學的遺傳學家Ahmad Khalil說，“最初科學家假設人物可能是調控組蛋白修飾，或者DNA甲基化的酶發生了突變，它們的表達失控了，”但是許多研究證明，這些酶很少發生突變，其基因表達也沒有變化。

為了確定癌細胞為何會發生這些甲基化重要變化，Khalil展開了長鏈非編碼RNA(lncRNAs)的研究。在以前的研究中，Khalil和他的同事去除了組蛋白修飾酶復合物中的lncRNAs，結果發現同時受抑制的基因，表達量增加了，這表明“也許是lncRNAs，而不是酶失去了控制，”他說。

來自華盛頓大學的計算生物學家Christopher Maher（未參與該項研究）對此評價道，Khalil分析lncRNAs 與 DNA甲基轉移酶的方法“具有重要的生物學意義”。

哺乳動物體內有三種不同的DNA甲基轉移酶酶，能將甲基添加到胞嘧啶上，Khalil聚焦于一種稱為 DNMT1 的酶，他從結腸癌細胞株分離出了DNMT1，以及相關的RNA，從中發現了148種 DNMT1相關lncRNAs，但是這個數量太大，不便于單獨研究。因此研究人員從Cancer Genome Atlas 尋找數據，定位已知結腸癌中的lncRNAs，確定了哪些是結腸特異性的lncRNAs。

最終研究人員聚焦了一個稱為 DACOR1 的候選lncRNAs，這一因子在癌細胞中要比在健康細胞中表達水平低。Khalil假設這種差異可能與癌細胞的過度行為有關，對此他問了一個簡單的問題：如果我們將這個lncRNAs放回癌細胞中會怎么樣呢？

結果研究人員發現一些DNA甲基化正常了，癌細胞生長減緩了。當他們繪制出了DACOR1在基因組上重新引入后的位置，就發現了這個因子能與150個基因位點相互作用，其中包括結腸癌中甲基化出現變化的31個位點。

“（癌細胞）解除了對lncRNAs的控制，這改變了其甲基化模式，就像我們在腫瘤中觀察到的，”Khalil總結道。

“這項研究證明了這個因子在DNA甲基化調控過程中起了非常重要的作用，這令人興奮，”Maher說，“這不僅事關結腸癌，而且我認為這也具有廣泛的意義。”