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科學家發現新的癌癥生物標志物

日期:2015-11-12 08:58:38

 生物標志物,可讓研究人員根據相對非侵入性的血液檢測,對疾病進行診斷和分期,目前已經確定了幾種類型癌癥生物標志物,但對于大多數癌癥來說,仍然是難以捉摸的。延伸閱讀:打開癌癥生物標志物的潘多拉之盒。

 

現在,日本理化學研究所(RIKEN)生命科學技術中心(CLST)和澳大利亞Harry Perkins醫學研究所的研究人員,發現了很多個基因,它們在許多不同類型的癌癥中是上調的,從而為開發生物標志物檢測、早期發現癌癥進而及時治療,提供了機會。

 

這項研究發表于十一月九日的《Cancer Research》,使用了兩種不同的技術。第一,研究小組分析了CAGE技術RIKEN開發,是FANTOM項目的一部分)產生的數據。他們檢測了225個癌細胞系和339個正常細胞的RNA表達情況,并尋找基因表達的差異。然后,他們通過分析來自4055份原發腫瘤和563份健康組織的RNA測序數據(來自TCGA數據庫),進行了補充,并將兩者進行交叉,以識別兩個數據庫中發現的變化。

 

本文第一作者、CLSTBogumil Kaczkowski解釋說:“使用兩個不同的數據集,可讓我們能夠充分利用各自的優勢。TCGA數據是復雜的,因為腫瘤樣品是由不同的細胞混合組成的,而FANTOM5 CAGE數據來自于細胞培養中的細胞生長,培養過程中可能會出現變化。通過把兩者放在一起,并尋找存在于兩者當中的變化,我們能夠編制一個強大的目錄。”

 

基于這項工作,研究人員確定了128個標記,它們在兩個數據庫的各種腫瘤類型中是變化一致的。其中有一些,如TOP2AMKI67,眾所周知可作為潛在的生物標志物。但是得益于FANTOM5的數據,他們也能找到了一些新的標記,包括非編碼RNA,來自重復序列和增強子元件(CAGE技術可以識別)的RNA。特別是,他們發現,一個鮮為人知的重復單元——稱為REP522,在許多癌癥中是上調的。

 

FANTOM5財團的負責人、本文共同作者Piero Carninci介紹說:“這項研究表明,我們的CAGE (Cap-Analysis Gene Expression)技術,是在啟動子水平上發現腫瘤標志物的有力工具。我們發現了幾百個啟動子——基因組中啟動基因表達的部分,它們在癌癥中是上調的,特別是,與基因組中重復序列重疊的啟動子,似乎是上調的。這是癌癥發展的一個有趣的見解。我們對REP522序列特別感興趣,并想確定它扮演的是什么角色。”

 

Carninci繼續說,“我們用基礎科學方法來映射和理解基因組的調控元件,并轉化為幫助早期診斷癌癥的發現,這是很讓人欣慰的。我們希望,研究人員將使用我們的研究結果,來確定許多癌癥類型的標記,它們目前沒有有用的標記。它也可能靶定我們已經確定為潛在藥物靶標的基因。這些靶標可能有助于許多癌癥患者,因為它們是在許多不同類型的腫瘤中是上調的。”

 


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