張鋒Cell:新一代CRISPR基因組編輯系統
日期:2015-09-29 10:15:52
在發表于《細胞》(Cell)雜志上的一項研究中,哈佛-麻省理工Broad研究的張鋒(Feng Zhang)及其同事們報告稱發現了一種不同的CRISPR系統,其有潛力實現更簡單、更精確的基因組工程操作。他們描述了這一新系統一些出乎意外的生物學特征,證實可以操控它來編輯人類細胞基因組。
人類基因組計劃的主要領導者之一、Broad研究所所長Eric Lander說:“這一系統有著巨大的潛力推動遺傳工程。這篇論文不僅揭示了從前未知的一種CRISPR系統的功能,還證實了可以利用Cpf1完成人類基因組編輯,其具有一些非凡和強大的特性。這一Cpf1系統代表了新一代的基因編輯技術。”
CRISPR序列是在1987年第一次被描述出來,在2010年和2011年它們的自然生物學功能初步被確定。2013年張鋒及哈佛醫學院的George Church各自第一次報道了,將CRISPR-Cas9系統應用于哺乳動物基因組編輯。
在這篇新文章中,張鋒和合作者們在不同類型的細菌中搜尋了成百上千種的CRISPR系統,尋找具有一些有用的特性,可改造用于人類細胞的酶。來自氨基酸球菌屬(Acidaminococcus)和毛螺菌科(Lachnospiraceae)的Cpf1酶成為了兩個有前景的候選物,張鋒和同事們隨后證實了其可以靶向人類細胞的基因組位點。
張鋒說:“發現了可以利用來推動研究和人類健康的、完全不同的CRISPR酶,我們感到激動萬分。”
這一新發現的Cpf1系統有幾個重要的方面不同于以往描述的Cas9,對于研究和治療及商業和知識產權均具有重要的意義:
首先:在它的自然形態下,DNA切割酶Cas9與兩條小RNAs形成了一種復合物,兩條RNAs均是獲得切割活性的必要條件。Cpf1系統更簡單一些,它只需要一條RNA。Cpf1酶也比標準SpCas9要小,使得它更易于傳送至細胞和組織內。
第二:且有可能最重要的是,Cpf1以一種不同于Cas9的方式切割DNA。當Cas9復合物切割DNA時,它切割的是同一位點的兩條鏈,留下的“平端”(blunt ends)在重新連接時往往會發生突變。采用Cpf1復合物生成的兩條鏈切口是偏移的,在裸露端留下了短懸端(overhang)。這預計有助于精確插入,使得研究人員能夠更有效及精確地整合一段DNA。
第三:Cpf1切口遠離識別位點,這意味著即便在切割位點靶基因突變,仍然可以進行再度切割,提供了多次機會來校正編輯。
第四:Cpf1系統為選擇靶位點提供了新的靈活性。像Cas9一樣,Cpf1復合物必須首選附著PAM,短序列,選擇的靶點靠近自然存在的PAM序列。Cpf1系統識別的PAM序列與Cas9截然不同。這在靶向某些基因組如瘧原蟲及人類基因組時可能是個優勢。
Broad研究所成員Levi Garraway(未參與該研究)說:“Cpf1這些意外的特性及更精確的編輯為各種應用,包括癌癥研究打開了大門。”
張鋒、Broad研究所和麻省理工學院打算廣泛分享這一Cpf1系統。與較早期的Cas9工具一樣,這些研究團體將通過張鋒實驗室質粒共享網站Addgene,免費提供這一技術用于學術研究。通過Addgene張鋒實驗室已與全球各地的研究者共享Cas9試劑達23,000多次以推動加速研究。張鋒實驗室還提供了免費的在線工具和資源,研究人員可通過網站http://www.genome-engineering.org獲取。
Broad研究所和麻省理工學院計劃提供非專屬授權推動工具商業化,使得服務提供商能夠將這種酶添加到他們的CRISPR管道和服務中,進一步確保提供這種新酶用于研究中。這些研究團體還計劃提供授權,以最好地支持快速及安全地開發合適及重要的臨床應用。張鋒說:“我們正致力實現可廣泛獲取CRISPR-Cpf1技術。”
“我們的目標是開發出一些可以加速研究,最終促成一些新治療應用的工具,我們看到將來會有更多,甚至超越Cpf1和Cas9的成果,或許可以改變其他一些酶的用途來進一步推動基因組編輯。”
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