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Cancer Res:癌癥基因組測序存在大量盲點

日期:2014-11-18 08:45:48

 

Cancer Research雜志發表的一項新研究,鑒定了四百多個癌癥基因組測序中的“盲點”,這些沒有充分測序的區域隱藏有致癌性的基因突變。

 

二代測序的迅猛發展,為整個生命科學領域帶來了一場革命。如今,癌癥基因組測序已經鑒定了大量的驅動突變,為癌癥研究和癌癥治療提供了寶貴的信息。

 

然而,測序技術也有難以解讀的基因組區域。曼徹斯特大學癌癥研究所的研究團隊,希望通過發掘這些盲點進一步解析突變對癌癥的影響,以便能夠更早檢測和診斷癌癥,開發出更好的治療策略。

 

“癌癥的遺傳學背就像是一本書,我們的測序技術能夠讀取書中絕大部分的內容,但還是有一些頁面被遺漏了,”文章的第一作者Andrew Hudson說。“這些章節可能是無關緊要的,也可能含有重要線索改變我們對整本書的理解。我們只有想辦法開啟這些頁面,才能對癌癥有一個全面的認識。”

 

CCLECancer Cell Line Encyclopedia)和COSMICCatalogue of Somatic Mutations in Cancer)是兩個目前最主要的癌癥基因組測序數據庫。研究人員比較了這兩數據庫,發現同一個細胞系里的錯義突變存在著顯著的差異。這個問題的主要原因是,外顯子組中GC含量高的區域沒有得到充分測序。

 

研究人員根據已知的癌癥基因,鑒定了四百多個始終沒有充分測序的區域(cold-spot),并將它們稱為癌癥基因組測序的盲點。這些盲點位于高度重復的DNA區域,測序在這里很容易卡殼。這種技術缺陷很可能遺漏在癌癥中起到重要作用的突變。

 

研究人員指出,特異性靶標和測序富含GCcold-spot,可以在已知的腫瘤抑制子和癌基因中找到新的驅動突變。他們通過新鑒定的PAK4突變證實了這一點。

 

文章強調,全面評估常用細胞系中的基因組突變,需要比對不同的基因組數據庫。另外,癌癥的外顯子組測序存在盲點,人們可以在這些區域鑒定到新的驅動突變。

 


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